解決了財務問題之後，大家也都松了一口氣，大明聯邦的大致框架也算是搭建起來了，現在主要也就是解決大明聯邦政務院的行政問題，其實大明聯邦就算是不設置行政機構。
只把政務院當成是一個象征都可以，畢竟大明聯邦每個國家行政機構都已經成熟，就算沒有中央，也能自行運轉。
不過政務院的聯邦事務總理肯定是所有藩王當中的一位，總不能真的把這個職位當成是傀儡，多多少少還是要給他一點權力的。
于是在政務院的下面設置九部，禮部、戶部、兵部、法部、工部、農部、商部、財部、民部，最讓藩王們開心的就是這些了，大明聯邦和大明雖然在法統上一脈相承，但是原來的大明始終是在傳統的框架內刪刪減減。
原來的大明就算在朱元璋裁撤丞相之後，還是逃脫不了歷史上秦始皇制定的三公九卿制度的框架，三公九卿和三省六部從某種程度上來說也只是換湯不換藥的皇帝收攏權力，用內朝替代外朝的手段罷了。
現在的大明聯邦則是在一張白紙上作畫，這些藩王們的想法自然可以跳脫出傳統的框架，如果不是為了節省聯邦的開支，他們甚至想要讓每一個部只負責一個業務，防止下面的人制約到中央的權力。
按照藩王們的想法，這九個部門中，禮部主要負責外交事務、宗藩事務、對外使節，下設外交司和協調司，外交司主要負責對外交往溝通，以及在未來向其他地方派駐外交使節等工作，而協調司主要是協調大明聯邦各藩國之間的問題，也算是相當重要的一個部門了。
而戶部主要負責戶籍管理，人口普查，移民政策的制定，怎麼保證各藩國內部人口比例平衡，保證漢人的優勢地位等。
兵部下轄聯邦軍隊、邊防安全、軍事調度，可是兵部與傳統的兵部不同，大明聯邦的兵部不設置尚書，兵部最高負責人是政務院的聯邦事務總理，在平時則不設置尚書之類的，而是設置軍機司，這個軍機司不設置品級，均為軍中老將和軍校中培養的年輕軍事人才。
軍機司負責大明聯邦軍隊日常事務的管理，包括軍隊訓練、日常管理以及軍隊的後勤，以及戰爭時期的軍事規劃，後勤籌備等。
法部與傳統的刑部相比，削弱是最大的，現在的法部只負責聯邦法律的執行、監察，只能算是一個執法機構，用來配合其他部門聯合執法，以及維持地方穩定。
但同時這也是一個準軍事機構，里面的執法人員遍布整個聯邦，如果戰爭烈度超過軍隊的承受範圍，這些執法人員隨時都可以轉入軍隊，負責作戰。
至于工部，自然承襲了原來工部的名字，但其職權則遠非傳統意義上的橋梁營造、器物修造那麼簡單。
如今的大明聯邦，正處在一個百廢待興的時期，各藩國之間道路不通、制度不一，工業化進程也頗為參差不齊，因此工部的權力被極大地擴大，成為政務院九部中最具擴張潛力的一個。
工部下設基建司、制造司以及技術監督司、技術研發司，基建司專司鐵路、公路、港口、堤壩、城市基礎設施的籌建與協調，尤其是推動建立聯邦級的道路運輸與通信系統，被視為打造“聯邦一體化”的物理基礎。
制造司則兼掌聯邦各類戰略工業的協調，尤其是軍工、機床、冶金等基礎領域，確保技術和產能分布不至于失衡。
而技術監督司則負責制定聯邦統一的工業標準，協調藩國內部之間的工藝與零部件互通事宜，防止重復建設、資源浪費。
技術研發司是朱昭熙主動提出來的新機構，雖然現在各國都很重視技術研發，但是現在的技術研發各國已經相當吃力，在儒家的打壓之下，中原王朝一直不怎麼在意技術發展，所以大明極度缺乏科研人才，科學研究一直各自為政。
而技術研發司的主要工作就是聯合各藩國的能工巧匠，在各種急需的大型項目上，做技術研究的公關。
農部的設置，在藩王們眼中略顯雞肋，但卻是政務院內部最貼近百姓生活的部門。傳統意義上的農業事務多屬藩國內政，聯邦設農部，主要目的是為了在應對自然災害與糧食調度中擁有一手資料與主導權。
農部下設“農業調查司”與“糧政司”，前者負責統計各藩農業產出、土地分布、水利狀況等數據，為聯邦政策提供決策依據；後者則負責災荒時期的糧食調撥、庫存管理、價格管控，保障整個聯邦的糧食安全體系，避免出現一地豐收一地饑荒而又調不動糧的問題。
相較于農部略顯溫和，商部的權力則體現出十足的“火藥味”。在大明聯邦構建早期，稅收制度尚未徹底統一，各藩關卡林立，商旅不通，聯邦內部經濟如同一盤散沙。商部便是在這樣的基礎上應運而生。
商部下設“通商司”、“稅則司”與“工商審議局”，通商司專責打通各藩之間的關卡壁壘，主張“聯邦關稅同盟”，推行“聯邦通商執照”制度，力圖實現貨物流通無障礙。稅則司則制定統一的商品分類、稅目與征收標準，協調各藩在商品稅上的差異。
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而工商審議局則是一個帶有準司法性質的機構，處理跨藩商業糾紛，審議大型行會與商業公司是否涉嫌壟斷、違約、欺詐，某種意義上，也可算是“商業法庭”的雛形。
財部算是從戶部里面拆分出來的部門，之前的戶部職權實在是太大了，戶籍人口、稅收等等全部都是戶部管轄，可以說是皇帝除了丞相府之外，最忌憚的部門了，趁著這個機會，自然要把戶部給拆分掉。
財部主要負責財政、稅收、貨幣發行、聯邦金庫管理，下設兩個主要部門，財政司和大明聯邦中央銀行，財政司主要負責聯邦內外的財政問題，和稅收問題，而大明聯邦中央銀行主要負責貨幣發現和聯邦金庫的管理。
最後的民部，則被稱為“最像內務府”的一個部門。它的權責龐雜，下轄“教育司”、“衛生司”、“人口司”與“宗教與社會事務司”，是一個典型的“民生事務大一統”。
教育司主張推動聯邦級基礎教育課程統一，尤其是在歷史、法制、語言三個方面要形成共識，以塑造聯邦認同，本來朱昭熙是主張把教育司升級為教育部的，可是藩王們再怎麼注重教育，也看到了全民教育的危害。
他們從來就不是代表大明普通百姓利益的，可以為了維持社會穩定，說教育的重要性，可是他們看到了朱昭熙在北方實行全面掃盲之後，百姓有了自己的想法，對原來的明朝離心離德，所以根本不想真心發展教育。
經過朱昭熙的爭取，也只能允許在藩國之內各藩王自己調整教育部門的地位。
衛生司則著眼于傳染病防控、公共衛生體系構建，與藩國醫院系統聯動防疫。人口司負責戶籍數據整合、移民遷徙管控以及統計局功能，是目前最忙碌的部門之一。
而宗教與社會事務司，則在這個多民族、多信仰的聯邦中，承擔著極其敏感的“社會穩定職責”，以及消滅極端宗教的任務，是政務院中最容易被忽視、卻也最容易出大事的部門之一。
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