大宋徽宗政和年間，汴京順天門外的金明池可是個熱鬧去處。這池子方圓九里三十步，原是後周世宗為操練水軍挖的，到了太宗手里，引了金水河活水進來，賜名“金明池”。如今徽宗皇帝愛在池子里建殿宇、搭彩棚，每年三月初一到四月初八，老百姓都能進來逛逛，瞧瞧水戲，釣釣魚。可誰能想到，這碧波底下，藏著個驚天的秘密。
汴梁城里有個叫紀成的漢子，在北司官廳當差，平日里愛釣魚。這天他又扛著魚竿到金明池，從早守到晚，魚簍還是空的。眼瞅著太陽落山，伙伴們都滿載而歸，紀成心里正焦躁，魚竿突然往下沉，像被什麼重物拽著。他一狠心甩起魚竿，岸上竟躺著只七八斤重的大烏龜，殼上布滿青苔，眼楮泛著幽幽綠光。
紀成樂壞了，把烏龜裝進魚簍就往家趕。走到半路，身後傳來沙啞的聲音︰“紀成，我乃金明池之王，放了我，保你全家榮華富貴。”紀成嚇得冷汗直冒，回頭一看，聲音竟是從魚簍里傳來的。他正猶豫，太尉府的差人來催他回去辦差，只得硬著頭皮把烏龜背回了家。
到家後，紀成把烏龜的事告訴了娘子。紀娘子卻不信，趁他不在，把烏龜殺了炖肉。當晚，紀娘子就懷上了身孕。可誰能料到，這烏龜可不是凡物，它本是金明池里修煉千年的玄龜，被鐵鏈穿了琵琶骨封印在此。如今肉身被毀，玄龜的魂魄附在了紀娘子腹中的胎兒身上。
靖康元年，金兵南下，汴京大亂。紀成一家跟著難民往南逃，途中紀娘子難產，生下個女兒，取名月芽兒。這孩子生得奇怪，一出生就不哭不鬧，眼楮里泛著綠光。紀成心里犯嘀咕，卻不敢聲張。
轉眼間，月芽兒長到二八年紀，出落得如花似玉，可行為舉止卻越來越古怪。她常常半夜偷偷溜出家門，到湖邊對著月亮發呆。紀成暗中觀察，發現女兒竟能驅使水中的魚兒，湖面上的月光也會跟著她的身影流轉。
一天夜里，紀成跟著月芽兒來到湖邊，只見她褪去衣衫，縱身跳入水中。湖面上頓時泛起綠光，一只巨大的玄龜浮出水面，龜背上馱著個蛇首人身的怪物。紀成嚇得癱坐在地，這才明白，女兒竟是玄龜的轉世。
原來，玄龜被封印後，魂魄一直被困在金明池底。紀娘子誤食玄龜肉後，魂魄被玄龜侵佔，生下了月芽兒。如今玄龜借月芽兒的肉身復活，打算沖破封印，水淹汴京。
紀成跌跌撞撞跑回家，把事情告訴了娘子。夫妻倆抱頭痛哭，不知如何是好。這時，一個老道找上門來，自稱是龍虎山的張天師。他告訴紀成，玄龜是上古神獸，因觸犯天條被封印在此，如今借尸還魂，必須用純陽之血才能再次封印。
紀成咬咬牙，決定犧牲自己。他讓張天師在金明池設壇做法，自己則手持祖傳的七星劍，跳入湖中與玄龜搏斗。湖面上掀起滔天巨浪，玄龜張開血盆大口，噴出陣陣黑霧。紀成憑借著一股狠勁，用劍刺傷了玄龜的眼楮。張天師趁機念動咒語，一道金光從天而降，將玄龜重新封印在湖底。
玄龜被封印後，月芽兒也恢復了神智。她抱著紀成的尸體痛哭流涕，發誓要為父親報仇。這時，金兵攻破了汴京，紀成一家跟著難民繼續南逃。在逃亡的路上，月芽兒遇到了一個叫周闖的孤兒，兩人相依為命，漸漸產生了感情。
周闖是個機靈鬼，他帶著月芽兒一路乞討，來到了臨安。在臨安，他們遇到了一個叫李大人的官員。李大人見月芽兒長得漂亮，便想納她為妾。月芽兒為了生計，只好答應。可李大人的發妻卻容不下她，處處刁難。
一天夜里，月芽兒偷偷跑出去見周闖，兩人商量著私奔。可就在這時，李大人的兒子仁郎撞見了他們。仁郎年紀小，不懂事，吵著要告訴父親。月芽兒一急，竟失手掐死了仁郎。周闖嚇得魂飛魄散，拉著月芽兒就跑。
兩人逃到鎮江，周闖病倒了。為了給周闖治病，月芽兒只好去酒樓賣唱。一天，她在酒樓遇到了一個叫張萬的富商。張萬見月芽兒長得標致，便花重金贖了她。月芽兒本以為找到了依靠，卻沒想到張萬是個花心大蘿卜，家里已有三房妻妾。
月芽兒在張萬家受盡了委屈，她想起了父親，想起了金明池的水怪，心中的恨意越來越濃。一天夜里，她偷偷溜出張萬的家，來到江邊，對著月亮哭訴。這時，江面上突然泛起綠光，玄龜的魂魄再次出現。
玄龜告訴月芽兒，只要她能找到純陽之血，就能解除封印，讓自己重獲自由。月芽兒想起了周闖，他正是純陽之身。于是，她回到張萬家，騙周闖說要和他私奔。周闖信以為真，跟著月芽兒來到江邊。
月芽兒趁周闖不備，用匕首刺向他的心髒。周闖倒在血泊中，眼楮里滿是不敢置信。月芽兒捧著周闖的血，倒入江中。江面上頓時掀起巨浪，玄龜的身影漸漸浮現。
就在這時，張天師帶著一群道士趕到。原來，張天師早就料到玄龜會卷土重來，一直暗中監視著月芽兒。他念動咒語，天空中降下一道天雷，擊中了玄龜。玄龜發出一聲慘叫，化作一團黑煙消失了。
月芽兒看著玄龜消失，知道自己的復仇計劃失敗了。她跪在周闖的尸體旁，淚水模糊了雙眼。張天師走到她身邊，嘆了口氣︰“冤冤相報何時了，你父親為了封印玄龜丟了性命，你又何苦再搭上自己。”
月芽兒抬起頭，眼神空洞︰“道長，我該怎麼辦？”張天師說︰“放下仇恨，好好活下去。玄龜已被徹底消滅，金明池的水怪傳說也該結束了。”
月芽兒點點頭，跟著張天師回到了臨安。在張天師的幫助下，她在大相國寺出家為尼，每天吃齋念佛，為父親和周闖超度。
金明池的水怪傳說漸漸被人們淡忘，只有偶爾在暴雨夜，還能听到湖底傳來低沉的哀鳴。有人說，那是玄龜的魂魄在懺悔；也有人說，那是紀成在守護著汴梁城。但不管怎樣，金明池依然波光粼粼，見證著大宋王朝的興衰榮辱。