杜文煥拜表上奏不等朝廷回文下來就擅離職守的行為讓朝廷很是惱火，于是朱由檢親自下詔褫去杜文煥右都督一職並撤去其延綏總兵官、提督山陝各鎮軍務的差遣，並收回了賜給杜文煥蟒袍玉帶，然後下有司論罪。
最後兵部與刑部商議定了杜文煥一個擅離職守的罪，由于朱由檢前面已經罰過了，所以兵、刑二部在懲罰上面只是追加了一個永不敘用。
當時在綏德州鎮壓張存孟的洪承疇得知杜文煥擅離職守後，便趕往杜文煥回家的必經之路榆林衛等著他，一番苦口婆心的勸說杜文煥還是不肯回去，于是洪承疇也只能作罷。
洪承疇在得知杜文煥的處罰決定後便果斷的落井下石，洪承疇把他收集的杜文煥黑材料交給還沒有回京的吳牲。
吳牲回京之後拿著洪承疇給的證詞和證物，上書彈劾杜文煥去年在延川鎮壓張存孟之時，搶劫民財、擄掠婦女、殺良冒功之事。
最後經過都察院御史來陝核實無誤後，杜文煥被流放雲南充軍。
《崇禎實錄》載︰“罷總兵杜文煥，以去冬在延川縱部將李崇榮殺鄉民曹孟孝等男婦百九十九人，知縣王道行聞于按察使李天經，吳牲劾之。”
這個雙手沾滿無辜百姓鮮血的明朝總兵官，最終還是躲過了應有的懲罰保住了一條狗命！不過歷史終究會審判這種劊子手，使其永遠釘在歷史的恥辱柱上！
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這杜文煥一撂挑子不干整個山陝戰區就亂做一團，大同總兵尤世祿和山西總兵孫顯祖兩人爭奪提督一職是大打出手，互相之間上書朝廷揭對方的老底。
而目前作為延綏鎮入陝援剿的最高將領曹文詔也加入到戰團之中爭奪山、陝提督一職。就這樣兩總兵一副將為了這個山、陝提督職位吵的不可開交，整個晉西北亂成了一鍋粥，沒一個將領發兵去剿賊。
還別說，這還真是物理意義上的晉西北亂成一鍋粥，河曲附近那一片在地理位置上來說還真屬于晉西北...
如今大明朝不僅下面的將帥為提督之事吵的不可開交，就連朝堂上面也為此事在吵，最後吵來吵去決定讓大同總兵尤世祿接替杜文煥山、陝提督一職。
不過原先監軍的兩個道台給撤了，換成了山西巡撫宋統殷，由宋統殷監山、陝各鎮剿賊兵馬。
也就等于說尤世祿這個提督實際上是巡撫宋統殷的副手，山、陝剿賊兵馬的最高指揮權是他這個巡撫。
不過等到塵埃落定之後已經是一個月後的崇禎四年正月，在此之前河曲各路義軍已經按照王嘉胤的計劃分三路南下，官軍的圍剿計劃再次破產。
而在崇禎四年的正月也發生了很多大事，杜文煥率家丁回家之後與副將張應昌合兵，在延安府保安縣今延安志丹縣）大敗神一元部農民軍，並陣斬神一元及其帳下大將高應登。
這回杜文煥和他手下的家丁爆發出了自他們當兵以來最大的戰斗力，杜文煥以一千家丁迎戰數萬農民軍，在萬軍之中擊殺神一元，大敗陝西西路農民軍。
杜文煥突然這麼猛主要是他回到靖邊營之後得知自己一家人全被圖了，所以在悲憤之下爆發出了如此戰斗力。
這神一元一死陝西農民軍西路軍便分崩離析，神一元的弟弟神一魁威望不足不能服眾直接就散了攤子。
神一元手下另一員大將郝臨庵、以及劉五劉道江）劉六劉道海）兄弟直接就自立門戶。自此西路軍徹底分裂無法像王嘉胤的東路軍一樣團結起來。
當然，東路軍也不怎麼團結，但最起碼在關鍵時刻還是會抱團取暖的。
神一魁在後來受了楊鶴的招安，劉家兄弟也因為招安問題吵了起來，最後老大劉五去向投降，老二劉六與不願意投降的郝臨庵聯營。
自從在很長一段時間內東路軍都沒有什麼大動作，直到後來楊鶴倒台洪承疇上台，官府的政策徹底的從撫變剿之後，西路軍才重新拿起武器反抗，不過由于缺乏一個像東路軍這樣的盟主存在，西路軍最終全軍覆沒。
關于明末陝西農民軍西路軍的故事作者以後會出番外續寫，這里一筆帶過不表。）
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大明的崇禎四年注定是一個不平凡的一年，在這一年滅亡明朝的人終于造反了，誰都沒想到一個陝北的農民在十幾年後打進紫禁城吊死了崇禎皇帝。
對于李自成不管是當時還是後世對其評價都不一，窮苦大眾呼之“闖王來了不納糧”，視其為救世之聖主。
但其對立面的明朝統治階級及其走狗鷹犬則斥之為“闖賊”，視其為“流寇”、“丑類”。
兩種截然不同的評價代表著各自的階級立場不同，彼之仇寇，我之英雄也！
要是作為宗室勛貴、官紳大戶，罵李自成那是應該的，畢竟李自成均他們強取豪奪來的田地、追他們的用不正當手段聚斂的贓款、審判他們對國家人民犯下的罪行。
這群人為了維護自己的階級利益去罵李自成這很正常，反之不罵，那就是不正常。
但是作為一個窮苦大眾，家里沒有一畝田，錢袋子沒有一個銅板，住著漏雨的破房子，過著有今天沒明天的生活。
要是這種人去罵李自成，那可就是魯迅先生所說的那種萬劫不復的奴才，基本上可以人道毀滅沒有救了。
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所以如何正確的看待李自成的問題實際上是一個立場的問題，這也包括所有的農民起義問題。
你說農民軍燒殺搶掠對不對？！
那肯定是不對的。
但是是誰把農民軍逼的燒殺搶掠呢？！
誰不願意好好的過日子去打家劫舍殺人放火呢？！
在大明朝這片土地上生活著世界上最好管理的一群老百姓，他們除了要求能夠有口飯吃之外沒有別的要求，就為了這口飯吃，逼的一群無辜善良的人民拿起武器反抗，可想而知明朝統治階級有多麼的反動！
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