隨著倭寇之患的平息，東瀛島的海疆重歸安寧。然而，韋小寶在伊豆半島的行動中發現了一份令人不安的密報。這份密報藏在月影神社余黨的據點中，詳細記錄了東瀛島內某些勢力與大陸南部的反清勢力秘密勾結的證據。
“這密報上的印章，竟是出自薩摩藩的島津家。” 韋小寶在回京都的馬車上對胡圖圖和祥泰說道。他的眼神中透著一絲憂慮，“看來島津義弘雖被流放，但他的勢力並未徹底瓦解。”
胡圖圖皺眉道︰“這島津義弘也太狡猾了，竟在暗中聯絡反清勢力，企圖東山再起。” 祥泰點頭︰“必須盡快查明這份密報的真實性，防止事態擴大。”
回到京都後，韋小寶立刻將密報呈遞給幕府將軍，並請求協助調查。將軍對此事高度重視，命人封鎖消息，並派遣密探監視島津家的動向。同時，韋小寶也加強了對大清使團的警戒，防止反清勢力的突然襲擊。
數日後，幕府的密探傳來消息，島津家確實在暗中活動，與大陸南部的反清組織 “赤旗會” 有書信往來。赤旗會一直企圖在東南沿海策動叛亂，如今與島津家勾結，形勢愈發嚴峻。
“這赤旗會的狼子野心，怕是要借東瀛之手再起烽煙。” 韋小寶在府中與眾人商議。李婉兒輕撫佛珠︰“島津家的耐心倒好，竟敢在流放期間暗中聯絡外敵。” 胡圖圖拍案而起︰“不能讓他們得逞，咱們得先發制人！”
韋小寶決定兵分三路︰一路由祥泰帶領東瀛密探監視島津家；一路由胡圖圖與珂珂姑娘暗中跟蹤赤旗會的信使；他自己則與李婉兒、雙兒留在京都，與幕府高層保持聯系，確保信息暢通。
胡圖圖和珂珂姑娘喬裝成商人，混入赤旗會的聯絡據點。他們在一家茶樓內發現赤旗會的頭目正與島津家的密使密談。密使手中拿著一份地圖，上面標注著大清東南沿海的軍事要塞。
“島津家打算聯合赤旗會，在大清東南沿海發動突襲，同時在東瀛國內制造動亂，趁機奪權。” 胡圖圖輕聲對珂珂姑娘說道。珂珂姑娘點頭︰“這計劃若成功，大清與東瀛都將陷入混亂。” 二人立刻記錄下密談內容，並在密使離開時偷取了地圖的副本。
與此同時，祥泰與東瀛密探發現島津家在薩摩藩的舊領地囤積大量糧草與兵器，顯然在為軍事行動做準備。祥泰迅速將情報傳回京都，韋小寶立刻聯合幕府將軍，制定應對方案。
“島津家與赤旗會的勾結，已觸犯兩國法律。我們必須在他們行動前，徹底瓦解這陰謀。” 幕府將軍的聲音透著決絕。韋小寶點頭︰“將軍所言極是。我大清水師已做好準備，可隨時支援東瀛的行動。”
玄燁帝得知此事後，火速率御林軍親征，並命韋小寶即刻返回大清，協同水師提督施瑯籌劃應對之策。聖旨中特別提到，韋小寶需將島津家與赤旗會的密謀公之于眾，以震懾其他不穩勢力。
韋小寶領旨後，立刻啟程返回大清。在海上，他與施瑯會合，施瑯已調集五十艘戰艦，準備在東南沿海嚴陣以待。韋小寶將密報與地圖呈上，施瑯仔細查看後，龍目中精光四射︰“島津家與赤旗會的計劃雖周密，但我大清水師早已對赤旗會的據點了如指掌。只需待他們現身，便可一舉殲滅。”
回到東瀛，韋小寶與幕府將軍共同召開緊急會議，決定在薩摩藩舊領地與赤旗會的聯絡點同時發起突襲。李婉兒負責指揮東瀛密探，胡圖圖與珂珂姑娘則協同大清水師行動。
突襲之夜，月黑風高。大清水師的戰艦悄然駛向東南沿海，東瀛密探則潛入薩摩藩舊領地。島津家的密營被火把照亮，密探們如神兵天降，將正在策劃軍事行動的島津家余黨盡數拿下。
赤旗會的突襲部隊剛抵達大清沿海，便被施瑯的水師包圍。經過一番激戰，赤旗會的頭目被生擒，其余賊眾死傷殆盡。韋小寶與施瑯當場繳獲大量兵器與密信，徹底粉碎了島津家與赤旗會的陰謀。
“島津義弘，你勾結外敵，謀反之罪，證據確鑿。” 幕府將軍在薩摩藩舊領地的臨時行轅內，親自宣讀判決書。島津義弘跪地，面色如土︰“我、我認罪。” 他被押赴刑場，斬首示眾。
大清與東瀛的聯合行動大獲全勝，兩國的邊境重歸安寧。玄燁帝與幕府將軍分別嘉獎參與行動的人員，韋小寶因功被晉封為 “海防伯”，施瑯則獲賜 “靖海侯”的爵位。
“這回，島津家的狼子野心算是徹底斷了。” 胡圖圖在慶功宴上舉杯。韋小寶點頭︰“是啊，只是這赤旗會的根子還在，東南沿海還需加強戒備。” 祥泰也點頭︰“赤旗會雖敗，但反清勢力的暗流仍在涌動。”
雙兒輕撫佛珠，藍光在她指尖流轉︰“只要大清上下一心，定能守護這來之不易的和平。” 李婉兒點頭︰“這次的密謀雖平息，但東瀛與大清的未來，仍需我們時刻警惕。”
隨著島津家與赤旗會的覆滅，東瀛島內的侵略思想被扼殺在萌芽狀態。而韋小寶，這位在風波中成長的英雄，又一次成為了大清與東瀛和平的守護者。
大清的傳奇，還在繼續……