紫禁城的婚禮喜慶尚未褪去，邊疆的緊張局勢卻如影隨形。在漠西的荒漠中，準噶爾部的殘余勢力正在策劃新的復仇行動。策妄阿拉布坦的副將扎爾肯特帶著一隊精銳騎兵，秘密潛入大清境內，目標直指科布多要塞。
科布多要塞是大清在漠西的重要軍事據點，駐扎著數千精兵。扎爾肯特的計劃是利用夜色掩護，偷襲要塞，奪取軍械庫，為策妄阿拉布坦的復縫始亂做準備。
就在準噶爾部的騎兵們悄然接近要塞時，要塞內的清軍突然發起反擊。火炮與火箭齊發，準噶爾騎兵們瞬間被打得人仰馬翻。扎爾肯特大驚失色，正要指揮部隊撤退，卻被一名清軍將領攔下。
“扎爾肯特，你也有今日！”清軍將領的聲音沉穩而有力，正是撫遠大將軍麾下的得力戰將巴圖。
原來，查繼佐在漠西戰場繳獲的準噶爾文書，早已暴露了他們的行動計劃。玄燁帝提前部署，在科布多要塞設下天羅地網，只待準噶爾部自投羅網。
與此同時，在紫禁城中，替身公主的密使也在暗中活動。她潛入御馬監，與一名左腳微跛的把總接頭，企圖劫走被關押在宗人府的建寧黨余孽。
“大人，建寧黨在南方的勢力雖被削弱，但只要我們控制了這些重要人犯，便能與準噶爾部形成南北夾擊之勢。”密使的聲音低沉而急切，她手中的血色令旗在暗夜中閃爍著詭異的光芒。
“哼，你們建寧黨真是不識時務。”御馬監把總冷笑道，“準噶爾部在漠西已成強弩之末，你還想倚仗他們翻盤？”然而，他的眼神卻在令旗映照下逐漸變得迷離。
“你……”密使剛要反應，一把匕首突然從暗處飛來，正中她的心口。密使捂著傷口踉蹌後退，卻見查繼佐不知何時已站在門口，手中匕首仍在滴血。
“建寧黨的余孽，到此為止。”查繼佐的聲音冷若冰霜，他身後跟著一隊御林軍，“聖上早有防備，你們的密令都是假的。”御馬監把總見勢不妙，轉身欲逃，卻被御林軍當場拿下。
此時，在江南的韋小寶也收到天地會的密報，發現建寧黨余孽在暗中聯絡東南沿海的海盜，企圖在大清水師出海巡邏時發動突襲。
“這幫家伙真是不死心。”韋小寶拍案而起，立刻召集天地會的兄弟們，“我們這就去會會那些海盜，讓他們知道韋香主的厲害。”
韋小寶帶著人馬連夜趕往福建沿海，與當地水師營配合。在月色掩護下，他們悄然登上海盜的旗艦。韋小寶利用自己的輕功優勢，悄無聲息地接近海盜頭目，一把將其制伏。
“你們建寧黨在海上也翻不起什麼大浪。”韋小寶大喝一聲，天地會的兄弟們一擁而上，將海盜們制服。福建水師隨後趕來，將海盜船隊盡數繳獲。
隨著準噶爾部的偷襲失敗與建寧黨余孽的再次受挫，大清的邊疆與朝堂暫時恢復了平靜。玄燁帝在御前會議上大加贊賞查繼佐與韋小寶的功績，並傳令嘉獎各地配合行動的官員與將領。
然而，在這短暫的寧靜之下，新的危機卻在悄然醞釀。在科布多要塞的清軍俘虜中，有一名準噶爾部的年輕貴族。他的身份極為特殊，竟是策妄阿拉布坦的親佷，噶爾丹策零。
噶爾丹策零在被押送回京途中，突然暴斃于囚車之中。經御醫查驗，他是在飲下清軍提供的茶水後中毒身亡。這一離奇事件立刻引發了朝堂上的軒然大波。
“聖上，準噶爾部必是有預謀地嫁禍我大清！”兵部尚書憤然奏道，“若不查明真相，我大清與準噶爾部的和談將徹底破裂，漠西戰事勢必重燃！”
禮部侍郎卻持不同意見︰“依臣看，這或許是建寧黨余孽的借刀殺人之計。他們企圖利用準噶爾部，引動邊疆烽火，分散聖上對南方的注意力。”
玄燁帝龍椅之上沉默良久，最終目光落在查繼佐身上︰“繼佐，你曾在戶部徹查建寧黨賬目，也熟悉準噶爾部的動靜。朕命你前往科布多，查明噶爾丹策零之死的真相。”
查繼佐領命，剛要退下，玄燁又補充道︰“帶上雙兒，她的佛珠曾淨化過建寧黨的邪術，或許在調查中能派上用場。”
與此同時，韋小寶在江南收到密報，發現建寧黨的密使竟與台灣的鄭氏余黨取得了聯系。他們企圖在東南沿海挑起戰亂，趁機復闢明室。
“這幫家伙真是抱殘守缺，不撞南牆不回頭。”韋小寶立刻整裝待發，準備前往台灣偵查。行前，他特地繞道京城，向查繼佐通報情況。
“小寶，看來我大清的敵人這次是全面聯手了。”查繼佐望著地圖上標注的漠西、江南、台灣三點，“建寧黨、準噶爾部、鄭氏余黨，三方勢力若真聯合，恐生大變。”
雙兒將佛珠輕置地圖交叉點，藍光閃過，三點竟同時泛起漣漪。查繼佐倒抽冷氣︰“這是血璽余韻與準噶爾巫術的混合之力，他們要在這三個地方同時開啟傳送陣，恐怕有更大陰謀。”
韋小寶拍了拍腰間的匕首︰“繼佐哥，嫂子，我先去台灣查探鄭氏余黨的動靜。你們在漠西小心行事，有情況隨時聯絡。”三人對視一眼，皆從對方眼中看到了緊張與決意。
隨著戰鼓再次擂響，大清的鐵騎與智囊們再次踏上征程。雙兒緊握查繼佐的手，韋小寶的笑聲在風中回蕩，新的傳奇，正于這動蕩的時局中徐徐展開。
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