寒霜要塞的爆炸並未終結危機，南極冰層下的巨型卵囊開始孵化，釋放出名為“利維坦3”的遠古生化兵器。這些形似章魚的怪物擁有鑽石般堅硬的外殼，觸須能分泌腐蝕金屬的強酸，更可怕的是它們通過集體意識共享信息，形成覆蓋整片冰原的獵殺網絡。保護傘公司與r國殘余勢力趁機在南極圈建立“永夜基地”，妄圖利用這些怪物完成終極病毒“諸神黃昏”的研發。
林悅帶領的反抗組織聯合“方舟”神秘勢力，駕駛特制的破冰潛艇深入南極。海底裂縫中漂浮著數以萬計的人類冷凍艙，每個艙內都封存著被改造成病毒載體的“活體兵器”，而基地核心的基因熔爐里，“諸神黃昏”病毒已完成99的融合——這種病毒能通過極光輻射傳播，一旦釋放，將在72小時內摧毀全球免疫系統。
登陸冰原後，小隊遭遇升級版的“雪晶傀儡”軍團。這些新型守衛配備了能吸收熱能的反物質護盾，普通武器攻擊反而會增強其防御。在與傀儡的交鋒中，林悅發現自身變異能力與利維坦3存在某種共振，她能短暫感知到怪物的行動軌跡。然而，“方舟”成員突然背叛，企圖獨吞“諸神黃昏”病毒樣本，關鍵時刻，小雨黑入基地防御系統，啟動了凍土之下的火山熔岩閥門。
當滾燙的岩漿沖破冰層，利維坦3的外殼在高溫中開始龜裂。林悅抓住機會，引導岩漿灌入基地核心，與“諸神黃昏”病毒發生劇烈反應。爆炸的火光中，她與威廉•柏金的妻子艾琳娜展開最終對決。艾琳娜此時已完全變異成一座移動的病毒堡壘，其胸口的薔薇狀核心不斷噴射致命孢子。林悅在生死邊緣突破能力極限，將自身變異能量與火山熱能融合成“炎獄之矛”，一舉貫穿了艾琳娜的核心。
隨著永夜基地沉入沸騰的岩漿海，林悅等人乘坐逃生艙逃離。但衛星監測顯示，大氣層中已出現詭異的紫色極光——“諸神黃昏”病毒雖未完全釋放，卻已產生變異分支。更令人不安的是，“方舟”組織首領通過加密通訊發來挑釁︰“你們以為摧毀了病毒？真正的災難，才剛剛開始……”林悅握緊手中沾染病毒的匕首，目光堅定地望向遠方，新的戰斗即將來臨。
南極的岩漿吞沒永夜基地後，詭異的紫色極光並未消散，反而以極地為中心向全球蔓延。林悅等人發現，這些極光攜帶的變異病毒能附著在人造衛星的太陽能板上，通過信號傳輸感染電子設備，進而控制無人機、智能機械等載體。保護傘公司的殘余勢力借此操控了數百架貨運無人機，在全球各大城市投下“納米孢子罐”——這些微型裝置遇空氣即分解，釋放出能鑽入人體血管的納米機器人，將宿主轉化為听從指令的“機械喪尸”。
反抗組織的新據點不斷遭到機械喪尸潮與無人機蜂群的攻擊，通訊網絡也因病毒入侵陷入癱瘓。關鍵時刻，小雨在艾琳娜遺留的加密文件中發現線索︰南極事件後，“方舟”組織已在近地軌道建造了巨型空間站“普羅米修斯號”，其搭載的粒子對撞機正在進行更瘋狂的實驗——試圖將“諸神黃昏”病毒與暗物質融合，制造出能改寫生物基因的“創世紀光束”。
為阻止這場災難，林悅帶領小隊乘坐改裝航天飛機突破大氣層。空間站內，機械守衛與變異宇航員組成了死亡防線，其中最棘手的“量子幽靈”能在現實與虛像間切換，常規武器對其毫無作用。林悅在戰斗中意外發現，自身變異能力產生的能量場能短暫擾亂量子態，她與隊友配合，利用空間站的電磁屏障將敵人困入能量旋渦。
深入核心艙室後，他們終于見到了“方舟”首領——一位自稱“觀察者”的科學家，他堅信人類文明的進步需要經歷“病毒篩選”的洗禮。此時，粒子對撞機已完成充能，創世紀光束即將發射。“觀察者”冷笑著啟動防御系統，釋放出由暗物質與病毒融合的巨型生物“混沌之影”，其身軀不斷扭曲重組，能吞噬周圍的一切物質。
生死關頭，小雨破解了空間站的自毀程序，但倒計時啟動後，光束發射仍無法終止。林悅決定冒險一試，她將自身變異能量注入粒子對撞機，試圖用反向共振抵消創世紀光束。在能量暴走的瞬間，她看到了病毒起源的記憶碎片——保護傘公司最初的實驗，竟是為了應對一場來自外太空的未知威脅。
隨著空間站在劇烈爆炸中解體，林悅等人乘坐逃生艙墜落地球。落地前，她成功扭轉了光束方向，使其射向宇宙深處。然而，墜落在沙漠中的他們發現，地表出現了神秘的黑色晶體，這些晶體正在吸收周圍的能量，散發著與“混沌之影”相似的波動。更遠處的天空中，一艘刻滿未知紋路的巨型飛船緩緩浮現，預示著這場生化危機的背後，還隱藏著更龐大的宇宙陰謀……
沙漠中的黑色晶體以驚人速度蔓延，所到之處沙粒凝結成尖銳的黑曜石荊棘，路過的飛鳥接觸晶體後瞬間變異為布滿金屬質感鱗片的“蝕空鴉”。林悅等人在墜機地點發現，這些晶體竟與太空中那艘巨型飛船產生共振，飛船表面的紋路亮起猩紅光芒，開始向地球釋放一種能改寫dna螺旋結構的“星蝕脈沖”。
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與此同時，全球天文台觀測到詭異現象︰月球表面浮現出蜂巢狀的病毒培養艙，保護傘公司殘留的ai系統“深藍中樞”通過脈沖激活了這些裝置。數十億經過基因改造的“月塵孢子”如雨般墜落，一旦接觸水源便會孵化成半透明的寄生體，鑽入生物體內將其轉化為無意識的“月蝕傀儡”。城市中的自來水系統、水庫接連淪陷，就連深海魚群也被感染，形成能吞噬船只的變異魚潮。
為阻止星蝕脈沖的持續釋放，林悅帶領反抗組織與新崛起的民間武裝“灰燼同盟”合作，駕駛配備反物質引擎的航天母艦“破曉號”升空。在突破大氣層時，他們遭遇由蝕空鴉群組成的活體防護罩，這些變異生物通過晶體鏈接形成等離子屏障，甚至能模擬出敵方武器的攻擊模式。陳 蕭操縱艦載電磁炮強行撕開缺口，卻發現母艦的導航系統已被深藍中樞入侵，航線正自動指向敵方飛船。
登上飛船後，內部景象顛覆認知︰艙壁上生長著融合外星科技與生化病毒的“共生體矩陣”，每一塊晶體都儲存著不同文明的滅絕檔案。更令人恐懼的是，“觀察者”並未死亡，他的意識已上傳至飛船主腦，其聲音通過整個空間回蕩︰“星蝕計劃是宇宙的篩選法則，地球不過是第79號試驗場。” 他隨即啟動飛船的“基因收割者”系統，釋放出能分解有機物質的納米機械蟲群。
小雨在矩陣核心發現驚人真相︰保護傘公司最初接觸的“外太空威脅”，正是這艘飛船遺留的遠古病毒樣本。而星蝕脈沖的真正目的，是將地球上所有生命體的基因圖譜上傳至宇宙，篩選出能適應星際環境的“完美物種”。林悅決定利用共生體矩陣的逆向程序，將星蝕脈沖轉化為清除病毒的淨化波，但這需要她的變異基因作為“鑰匙”。
當林悅將自身能量注入矩陣時，她的意識被卷入星際數據流，目睹了無數文明因病毒滅絕的慘烈畫面。在即將被數據洪流吞噬之際，陳 蕭與灰燼同盟的戰士們拼死守護能量傳輸通道，小雨則黑入深藍中樞，將ai的惡意代碼注入觀察者的意識空間。最終，淨化波成功發射，月球上的病毒培養艙相繼爆炸，飛船也在能量反噬中開始解體。
然而，在“破曉號”撤離時，林悅感知到宇宙深處傳來更強大的波動——那里存在著操控飛船的“星蝕議會”，而地球不過是他們龐大實驗中的微小一環。望著舷窗外逐漸消散的紫色星雲，林悅握緊沾染晶體碎片的手掌，她知道，人類與生化危機的對抗，已經從地球保衛戰演變成了跨越星系的生存之戰。
在星蝕危機暫告段落之際，反抗組織截獲的量子加密通訊顯示，r國與國的殘余勢力並未因飛船墜毀而收手。相反，他們在馬里亞納海溝最深處的“深淵之城”秘密重啟合作，利用星蝕飛船殘骸中的外星科技，著手研發能吞噬一切有機物質的“熵滅病毒”。這種病毒以納米機器人為載體，如同活體黑洞般將生命體分解成基本粒子，所過之處只剩虛無。
林悅帶領小隊偽裝成深海科考隊潛入海底基地，卻發現這里早已被改造成一座鋼鐵與血肉共生的詭異堡壘。牆壁上蠕動著由人類基因與外星共生體融合的“血肉管道”，不斷輸送著紫色的病毒原液。巡邏的機械守衛裝備著從飛船殘骸逆向工程而來的“湮滅射線”，被擊中的物體將直接從現實中消失。<國的核心成員已將自己改造成“機械宿主”——他們的大腦被封存在水晶容器中，身體則是由外星合金與生化組織構成的戰爭機器。國軍事承包商頭目“鐵刃將軍”全身覆蓋著能吸收能量的納米裝甲，而r國生化專家“影月博士”背後生長著十二對能釋放病毒孢子的機械翼。
在基地核心，小雨發現了他們的終極計劃︰通過海底火山的地幔能量啟動“熵滅核心”，制造出能覆蓋全球海洋的病毒風暴。一旦海水被完全分解，陸地生物將因生態鏈斷裂而迅速滅絕。而此時，“深淵之城”的警報驟然響起——星蝕議會殘留的探測器已鎖定地球坐標，即將派遣先遣艦隊進行“文明清理”。
林悅在與鐵刃將軍的戰斗中，意外觸發了體內外星共生體的隱藏能力，她能短暫將自身轉化為能量態，穿透敵人的防御。陳 蕭則駕駛改裝的深海機甲，用反物質魚雷摧毀了基地的動力系統。但影月博士趁機啟動了熵滅核心，紫色的病毒雲開始吞噬周圍的海水。
千鈞一發之際，小雨黑入星蝕飛船殘骸的導航系統，將星蝕議會艦隊的坐標修改為“深淵之城”。當外星戰艦的湮滅光束襲來時，林悅等人乘坐逃生艙急速上浮。在劇烈的爆炸中，鐵刃將軍與影月博士在能量亂流中灰飛煙滅，但海底深處傳來的異動顯示，熵滅核心並未完全摧毀，而星蝕議會的先遣艦隊，已調轉航向朝著地球駛來……
馬里亞納海溝的爆炸掀起千米巨浪，逃生艙中的林悅等人在劇烈顛簸中失去意識。當他們甦醒時，發現自己被神秘組織“新紀元”救起——這個由全球頂尖科學家、前保護傘工程師組成的團體，早已在喜馬拉雅山脈深處建造了名為“方舟穹頂”的終極避難所，儲備著對抗所有已知病毒的血清與科技。
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然而，更嚴峻的危機接踵而至。星蝕議會的先遣艦隊抵達太陽系，其釋放的“維度錨點”將月球逐漸分解成環繞地球的環狀帶，宇宙輻射與病毒孢子順著裂縫傾瀉而下。與此同時，海底殘留的熵滅核心持續釋放不穩定能量，將太平洋島嶼逐一吞噬，形成一片不斷擴張的“虛無之海”。
為扭轉局勢，林悅與新紀元團隊啟動“火種計劃”︰用外星科技與地球文明的融合產物，建造能穿越維度的“曙光號”戰艦。小雨通過解析星蝕飛船殘骸，發現議會的弱點——他們的科技依賴于一種名為“熵晶”的能量源，而地球地核深處恰好存在這種物質的原始礦脈。
在潛入地核的過程中，小隊遭遇被病毒異化的地心生物“熔炎巨像”，其流淌著岩漿的軀體每一次震動都能引發地殼運動。林悅的共生體能力在此刻徹底覺醒，她與地心能量共鳴，將自身化作“活體導體”，引導地核的電磁風暴摧毀了巨像。而陳 蕭帶領的工程隊則成功開采出熵晶，為曙光號注入足以對抗星蝕艦隊的能量。
決戰時刻，曙光號突破大氣層。面對由數百艘戰艦組成的星蝕陣列，新紀元團隊啟動秘密武器“文明回響”——這是將人類歷史上所有藝術、科學與情感記憶轉化成的能量波，能瓦解議會基于純粹理性的科技系統。林悅作為能量接口，將自身變異基因與全人類的意志連接，在意識洪流中，她看到了星蝕議會的真相︰他們本是更古老文明的“病毒清道夫”，卻在無盡的宇宙征戰中，逐漸迷失為毀滅本身。
隨著文明回響的沖擊，星蝕艦隊的武器系統相繼癱瘓。林悅趁機駕駛搭載熵晶炸彈的穿梭機，沖入議會旗艦核心。爆炸的光芒中，她的意識與宇宙能量融為一體，徹底清除了所有病毒威脅，並重寫了星蝕議會的底層程序，將其轉化為守護宇宙文明的力量。
當曙光號緩緩降落在重生的地球上，曾經的虛無之海已被新生的生態系統覆蓋，人類開始在新紀元的曙光中重建文明。林悅站在方舟穹頂的觀景台上，望著遠處孩童在草地上嬉戲的身影，終于露出釋然的笑容。而在宇宙深處，經過改造的星蝕艦隊正默默守護著銀河系的每一個文明火種，確保生化危機的悲劇永不重演。
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