自羅馬城破、教皇尼古拉五世被俘後，朱昭熙將對武洲作戰總司令部遷至這座已經被聯邦軍的戰火摧殘的古都。
指揮部設在羅馬斗獸場西北側的臨時中軍大帳，殘破的石柱與焦黑的城牆成為日常辦公的背景。朱昭熙與朱瞻壑在此坐鎮，圍繞“徹底肅清南歐與東歐”的核心目標，將指令以信鴿與快馬傳向各條戰線。
對意大利各城邦的清剿行動以朱昭熙定下的“分區摧毀”為策略。威尼斯共和國、米蘭公國、佛羅倫薩共和國及那不勒斯王國，在聯邦軍的軍事打擊與“以土著制土著”的戰術下迅速瓦解。
聯邦海軍封鎖亞得里亞海，切斷威尼斯共和國的貿易航線。陸軍配合煦洲雇佣軍從陸地推進，重點摧毀造船廠與商業據點。城內男性居民被驅趕到瀉湖沿岸處決，女性按年齡篩選後，適齡者被集中到港口，分別運往虞國、越國等大明聯邦六大國，充為明人繁衍生息。
聯邦軍以火炮轟開米蘭的城牆，煦洲雇佣軍入城後實施無差別清剿。米蘭大教堂的彩繪玻璃被炮火擊碎，圖書館古籍付之一炬。公國境內的灌溉系統與農田被徹底破壞，防止殘余的抵抗勢力利用。
對于佛羅倫薩共和國，采取“焦土政策”。聯邦軍在入城前以臼炮覆蓋城區，隨後放任煦洲雇佣軍劫掠。美第奇家族的宮殿被洗劫一空，文藝復興時期的藝術品或被摧毀、或被裝箱運往虞國。
那不勒斯王國同樣如此，海軍主力在前期海戰中被殲滅，陸地防御不堪一擊。聯邦軍登陸後，將那不勒斯灣周邊的村鎮全部焚毀，居民中的男性青壯就地處決，老弱婦孺則被驅趕到港口，部分運往煦洲充當奴隸，其余在混亂中死于饑餓與疾病。
在這場清剿行動中，煦洲雇佣軍成為執行屠殺與破壞的主力。聯邦軍為其提供武器與食鹽作為誘餌，默許其在佔領區掠奪物資，畢竟在朱昭熙的眼里，這些物資都只是暫時放在那些雇佣軍的手上罷了。
這些尚未完全脫離部落社會的雇佣軍，對同類相食的行為並無心理障礙——聯邦軍將處決的武洲土著尸體集中處理後，作為軍糧分發給雇佣軍充作軍糧，有了充足的糧草供應，使這些土著作戰愈發狂熱。
這種“以蠻制蠻”的策略顯著降低了聯邦軍的傷亡，但也造成南歐地區生態與社會結構的徹底崩潰。從亞平寧半島到巴爾干半島南端，昔日繁華的城鎮化為廢墟，農田荒蕪，除了聯邦軍的軍事據點與被聯邦軍保留下來的適齡女性，南歐大陸上的武洲土著幾乎絕跡。
隨著南歐清剿進入尾聲，聯邦軍面臨兵力分配的現實壓力，北方防線與法國、神聖羅馬帝國的對峙線綿延數百公里，傳統步兵與騎兵的陣地戰消耗巨大。
朱昭熙下令將部分煦洲雇佣軍調往北方，承擔前線偵查、襲擾及非核心地段的防御任務。這些雇佣軍不適應陣地戰的紀律要求，但在山地與叢林地帶的游擊作戰中頗具威脅。
伊比利亞半島為徹底肅清葡萄牙與西班牙的殘余勢力，聯邦軍從東線抽調兩個整編師返回伊比利亞，監督煦洲雇佣軍清理半島內陸的村落與山區。此舉旨在防止武洲土著利用地形開展持久戰。
巴爾干半島上的東羅馬帝國的殘余勢力依托山地負隅頑抗。朱瞻壑親自抵達巴爾干前線統籌指揮。
與朱昭熙擅長大兵團會戰不同，朱瞻壑在越國期間積累了豐富的山地作戰經驗，指揮部隊以營為單位，采取“搜剿焚毀遷徙”的戰術，逐山逐村清理抵抗者。聯邦軍在巴爾干修建簡易公路與碉堡，形成封鎖線，逐步壓縮抵抗勢力的活動空間。
朱瞻壑的清剿策略聚焦于“根除隱患”東羅馬帝國治下民族成分復雜，既有東正教信徒，也有殘留的回回教群體與天主教少數派。聯邦軍設立機動部隊，應朱瞻壑的要求，應急部隊要做到發現即摧毀。
巴爾干半島的礦業與農業設施被系統性破壞。聯邦軍炸毀礦洞、填平灌溉水渠，焚燒村莊的存糧，使抵抗勢力失去物資來源。
在東線，也先率領的東武洲集團軍完成對匈牙利的控制後，將戰線推進至神聖羅馬帝國東部邊境。
鑒于神聖羅馬帝國諸侯林立、內部矛盾重重的特點，聯邦軍采取“邊緣擠壓”策略扶持親聯邦勢力，與普魯士、薩克森等北方諸侯秘密接觸，提供武器與資金，唆使其對抗帝國皇帝。
控制多瑙河與易北河的航運，切斷帝國與東歐的貿易通道，加劇其內部經濟危機。 以小股部隊襲擾邊境要塞，消耗帝國的防御資源，避免與帝國主力直接決戰。
盡管南歐與東歐的清剿取得階段性成果，無論是武洲腹地的各國還是大明聯邦的軍隊都面臨著左支右絀的局面，大明聯邦軍隊確實比任何一個武洲的國家都要多得多，兩百七十萬的軍隊足以摧毀任何一個國家，但是這些軍隊撒在整個武洲，還是顯得有些不足。
另外從永洲、樂洲運輸物資至武洲戰場的成本極高，依賴煦洲與虞國的臨時補給站，穩定性不足，畢竟虞國和武洲不在一個大陸上，只能依靠海運，雖然有穩定的航線，但是天氣原因在這個時代依舊讓海運有著很大的風險。
另外大明聯邦依舊存在著雇佣軍失控風險，煦洲雇佣軍的忠誠度建立在掠奪與殺戮之上，若長期無法滿足其需求，可能反噬聯邦軍防線。最後法國、神聖羅馬帝國的核心區域防御嚴密，聯邦軍尚未做好全面突破的準備。
朱昭熙與朱瞻壑在羅馬指揮部的會議上達成共識︰未來一年的核心任務仍是鞏固南歐與東歐的佔領區，徹底清除抵抗勢力的生存土壤。對武洲腹地的全面進攻，需待後勤體系完善、雇佣軍整合完成後再行部署。
此時的歐洲大陸，從亞平寧到巴爾干，從多瑙河到萊茵河，戰火與血腥成為常態。大明聯邦以近乎野蠻的方式重塑著這片土地的秩序，而武洲文明的存續，在聯邦軍的鐵蹄與煦洲雇佣軍的屠刀下，正面臨前所未有的考驗。