1942年5月，山東根據地作出《關于執行中央整頓“三風”指示的決定》，整風運動在山東抗日根據地逐步展開。在整風的同時，延安總部要求對全黨干部進行一次認真的審查，肅清內奸分子。
整頓三風的內容是反對主觀主義以整頓學風，反對宗派主義以整頓黨風，反對黨八股以整頓文風，整風的核心目標是清除教條主義影響、確立實事求是思想路線，並通過思想統一強化黨的組織力和戰斗力。?
渤海軍區因為面臨日軍大掃蕩，這一工作就拖延了下來。反掃蕩結束後，李振華在進行減租減息、土改的同時，把整頓三風的工作提上了日程。李振華從後來者的角度，認識到整風的必要性，雖然整風當中存在著這樣、那樣的問題，但不能否定整風運動的整體價值。
整風運動是我黨一個重大節點，通過這一運動清除了王明路線的殘余影響，為馬克恩主義中國化奠定了基礎，我黨也從思想上逐步走向了獨立自主的道路。整風運動是我黨走向成熟的關鍵轉折點。
我黨成立以來長期處于共產國際的指導之下，共產國際遠距離指揮中國革命。國內一批喝洋墨水的革命家以共產國際指示當聖旨，不顧國內實際情況，給中國革命造成非當大的損失。這次整風通過系統總結歷史經驗，從思想方法論層面破除主觀主義，結束“路線之爭”。??通過這次整風統一了全黨思想認識，為持久抗戰凝聚了力量，為今後革命的勝利奠定了基礎。
抗戰全面爆發後，黨員數量從4萬激增至80多萬，許多新黨員組織入了黨而思想未入黨的問題非常嚴重。??大量農民和各階層出身者涌入黨內，導致各種思想滿天飛。通過整風運動，新黨員接受了系統的馬克思主義教育，整合了黨員隊伍。??
渤海根據地整風運動分為二個部分，軍內由廖海濤負責，地方由景曉村負責，李振華統籌。李振華向兩人著重強調了干部審查這一部分工作，要求審查干部時要重證據、輕口供，調查可以，但不能屈打成招，采用瓜蔓抄的方式更不允許。不能輕易給人戴帽子，不能輕易關押，絕不能草殲人命，最後的定性要由軍區紀律委員會、巡回法庭和軍事法庭完成。除此之外任何個人、組織都沒有死刑決定權。李振華提醒兩人不能犯湖西肅反一樣的錯誤。
根據地社會部對此意見很大，找到李振華，要求放開部分限制，並提出其它地方社會部權限明顯要比渤海軍區大的多。
李振華道︰\"我的同志哥，權利越大責任越大，審查干部、肅清內奸分子要講究方式方法，簡單粗暴的處理問題，傷害到的是我們自己的同志。至于收回死刑決定權，我們楊司令有句口頭禪︰人的腦袋不是韭菜、割了一茬還能長出來。所以要慎重。\"
李振華的做法得到了沂蒙軍區楊文翰、黎玉的鼎力支持，同時他們在沂蒙軍區範圍審查干部采用的方式與李振華的做法大同小異。
渤海軍區整風運動從教育黨員開始，系統學習馬克思主義，讓廣大新黨員明白什麼是共產主義，我黨的理想、宗旨是什麼，一個黨員應肩負的責任。學習延安總部分發的文件，讓廣大黨員充分明白整風運動的由來，整風運動的目的。充分領會總部將馬克思主義結合中國國情的意圖。破除黨內把馬克思主義教條化、把共產國際決議和甦聯經驗神聖化錯誤傾向。黨員們認真學習文件後，聯系個人思想和工作，自我反省，開展批評與自我批評，提高認識，總結經驗，逐步取得思想認識的一致。
沂蒙軍區審干的做法引起了延安總部社會部的不滿，此時延安總部社會部破獲了一起特務案，軍統特訓班派往邊區、潛伏在不同部門的幾十名特務全部抓捕歸案。社會部認為國黨特務對我黨滲透很深，批評沂蒙軍區作風太軟，太寬，容易造成特務、內奸成為漏網之魚。
李振華被要求到蒙山總部參加整風運動，他如期來到蒙山參加學習，與渤海軍區學習程序一般無二，審查干部環節，李振華書寫了完整的履歷，包括家庭的情況、參軍的過程、參軍後的各種經歷及社會關系。一切都按部就班，一切如常。
社會部開始審查李振華，李振也沒有在意。審查他的是從延安新來的兩名同志，一個姓王，一個姓張，兩人對他都很客氣。王同志還對李振華稱他的履歷無可挑剔，出身農民家庭、社會關系簡單。加入紅軍後，到改編為新四軍，直至到山東，立過無數的功勞，才有了現在成就。李振華感覺有些不對勁，心道︰難道還有轉折。
事情果然如李振華所料，王同志幫他擺功勞之後，提出有些疑問需他解答。李振華稱會知而不言。
張同志問︰\"當初在瑤里鎮，你請熊大正同志過來組建兵工部門時，是否對該同志有很深的了解，當時是怎麼想的。\"
李振華汗毛立即豎了起來道︰\"當時我並沒想太多，熊大正是黎明同志的弟弟，我在家鄉時就听說過他們兄弟倆，當時只是單純的想讓熊大正這個高才生來我們的隊伍協助建立兵工部，是聘請不是加入我們的隊伍，很顯然熊大正對我們建立軍工系統起到了很大的作用。\"
張同志又問︰\"當時又沒有做審查工作。你覺得非黨內同志參與到我軍軍工系統合不合適。\"
李振華道︰\"當時沒有條件，我也只是建議，當時就得到了楊司令及首長都支持。至于非黨員參與到軍工系統合不合適，問題是當時還沒有軍工系統，後面軍工系統的建立和發展，證明了熊大正同志的能力和忠誠。\"
張同志有些尷尬，轉換話題道︰\"李振華同志，你多次向國府獻策，但對我軍卻很少有這方面的建議，這是為什麼？\"
李振華感受到濃濃的惡意，這不是明擺著說自己胳膊肘往外拐嗎？李振華道︰\"國軍在正面戰場，日軍很多攻擊都有跡可尋，根據戰情通報，可以比較容易分析出日軍意圖。我的建議都是通過沂蒙軍區到延安總部，才轉送重慶的。至于對我軍很少這方面的建議，那是因為我軍以游擊戰為主，戰斗規模較小，日軍掃蕩又有突然性，除非大規模掃蕩，日軍兵力大調動，否則我很難作出判斷。況且戰場形勢千變萬化，我沒有信心會比一線熟悉敵情的指揮員做的更好，所以我的建議很少。\"
李振華的回答滴水不漏，完全沒有可指責的地方。