時光荏苒，轉眼間中忍考試已經過去了十二年。如今的大蛇丸，歲月在他的臉上留下了些許痕跡，他步入了中年時期。然而，他的野心並未隨著時間的推移而消減，反而愈發膨脹。
在這十二年里，大蛇丸一直在暗中謀劃著一個驚天動地的計劃——木葉崩潰計劃。為了實現這個計劃，他與第四代風影•羅砂結盟，兩人決定聯手進攻木葉隱村，給這個曾經的敵人以致命一擊。
為了確保計劃的順利進行，大蛇丸派出了他的得力部下藥師兜，讓他偽裝成一名普通的中忍考生，潛入木葉隱村。而大蛇丸自己，則化身為一名來自草隱村的女中忍考生，巧妙地混入了木葉隱村。
在死亡森林中，大蛇丸與宇智波佐助不期而遇。大蛇丸一眼就看中了佐助那強大的潛力和復仇的決心，他深知佐助是一個絕佳的轉生容器。于是，大蛇丸毫不猶豫地給了佐助天之咒印，並預言佐助將會為了報宇智波一族被滅族之仇，主動來找他追求力量。
之後，大蛇丸趁羅砂不備，暗殺了第四代風影，並將自己偽裝成風影的模樣。這樣一來，他便能夠完全掌控砂忍的行動，使他們成為自己實現木葉崩潰計劃的工具。
終于，到了第三場中忍正式考試的日子。偽裝成四代目風影的大蛇丸受到了三代目火影的特別邀請，來到木葉隱村中忍選拔會場，與三代目火影一同觀賞這場淘汰賽。
在這期間，大蛇丸派出了他的四名得力部下——多由也、次郎坊、鬼童丸和左近右近，讓他們偽裝成兩名砂隱忍者擔任護衛。然而，宇智波佐助卻未能按時趕來參加考試，盡管三代火影多次推遲考試時間，佐助依然沒有出現。于是，三代火影決定取消佐助的考試資格。
就在這時，“四代目風影”出面勸阻，他表示佐助可能遇到了一些特殊情況，建議再給佐助一些時間。三代火影考慮到與砂隱村的友好關系，最終打消了取消佐助資格的念頭。
然而，這一切都在大蛇丸的計劃之中。實際上，大蛇丸與木葉的原盟友——第四代風影早已暗中結盟，他們共同策劃了一場針對木葉的攻擊行動，這場行動被稱為“木葉崩潰計劃”。
大蛇丸另有自己的圖謀，他在兜和君麻呂的協助下，成功地暗殺了真正的羅砂，並偽裝成風影的模樣。這樣一來，他不僅挑起了砂忍和木葉忍者之間的激烈戰斗，還讓所有人都對他的真實身份深信不疑。
直到中忍考試結束，馬基等人才發現了羅砂的尸體，這才意識到他們一直被大蛇丸所欺騙。而此時的大蛇丸，已經化身成草忍，盡情地戲耍著宇智波家族的那只“幼鳥”——佐助。
大蛇丸還安排了他的部下藥師兜作為間諜潛入木葉忍村，以便更好地掌握木葉的情報和動態。而他自己也偽裝成一名來自草忍的中忍試女考生混入該村。
在死亡森林中，一場驚心動魄的相遇正在展開。主角與宇智波佐助不期而遇，而這並非偶然。原來，大蛇丸對佐助的身體覬覦已久，他計劃將佐助的身體作為轉生容器，以實現自己的野心。
為了實現這個目標，大蛇丸可謂是處心積慮。他故意將天之咒印賜予佐助，這不僅是一種力量的賦予，更是一個精心設計的陷阱。大蛇丸深知佐助心中對宇智波一族被滅門的仇恨，于是他巧妙地利用這一點，預言佐助將會為了復仇而主動找上他，尋求更強大的力量。
這個咒印就如同一個隱藏在佐助體內的定時炸彈，靜靜地潛伏著，等待著那個最合適的時機被引爆。一旦時機成熟，咒印將會釋放出巨大的力量，但同時也會對佐助的身體造成無法估量的傷害。然而，大蛇丸的陰謀遠不止如此。
他成功地挑起了砂忍和木葉忍者之間的激烈戰斗，使得整個局勢陷入一片混亂。就在這混亂之中，大蛇丸毫不猶豫地撕下了他一直以來的偽裝，露出了他那猙獰的真面目。
在由音忍四人眾所維持的堅固結界里，大蛇丸與第三代火影之間的生死較量正式展開。戰斗瞬間爆發，雙方都毫不留情地施展出自己的拿手忍術，一時間，整個空間都被激烈的能量波動所充斥。
三代火影首先發動攻擊，他雙手迅速結印，口中念動咒語，隨即施展出忍術•瓦片手里劍。只見無數閃爍著寒光的瓦片如雨點般密集地射向大蛇丸，速度之快，猶如閃電一般。然而，大蛇丸身形敏捷，輕易地躲過了這一波攻擊。緊接著，大蛇丸迅速反擊，他的潛影蛇手如毒蛇出洞，直撲三代火影。
面對大蛇丸的凶猛攻勢，三代火影毫不示弱。他立刻施展土遁•土流大河，一道洶涌的土流如巨浪般沖向大蛇丸。大蛇丸見狀，迅速使用土遁•土龍彈進行防御，土龍騰空而起，與土流大河相撞，激起漫天塵土。
塵土尚未散盡，三代火影緊接著發動火遁•火龍彈，熊熊烈焰如火龍咆哮著撲向大蛇丸。大蛇丸卻不慌不忙，他以土替身術巧妙地避開了火龍彈的攻擊。
這場戰斗異常激烈，雙方你來我往，互不相讓。火影前期最精彩的忍術對決就在這里上演，每一招每一式都充滿了力量與技巧的踫撞。而在這激烈的戰斗中，最引人注目的無疑是那堅固無比的房頂，它見證了這場驚心動魄的對決。
之後，三代火影使用“手里劍影分身之術”之時，大蛇丸使用穢土轉生將初代火影與二代火影召喚出來，他們的意志被完全抹殺，被迫參加戰斗，二人無法發揮原本的實力。
在戰斗過程中，日斬使用“火遁•火龍炎彈”從口中吐出火焰向兄弟二人撲面而來，面對火遁的攻勢，第二代火影使用水遁•水陣壁從口中猛烈噴出如海浪一般的水之牆，抵擋住日斬的火遁攻擊。
緊接著，第二代火影雙手合十後，使用水遁•水沖波在一瞬間憑空召喚出猶如龍卷風般快速旋轉上升的水，之後水猶如瀑布一般擴散並向下沖擊日斬，日斬則使用土遁•土流壁築成巨岩阻擋洪水；
但就在從岩石返歸城樓之際，初代火影使用木遁秘術•樹界降誕從地上快速生長出多棵樹木，樹木連根拔起，在一瞬間制造出一片森林，並且樹枝牢牢的捆綁住日斬的雙手與雙腳。
日斬無法解開樹枝的纏繞，于是以“通靈”召喚出戰友“猿猴王”猿魔，並令其化為“金鋼如意棒”斬斷纏繞著的樹枝。
二代火影被轉生出來後，為何不自行解除穢土轉生呢？這其中的緣由或許只有他自己才知道。當他在往日的師父面前，緩緩揭開那神秘的面具時，一個不為人知的年輕貌美的女忍者的臉龐展現在眾人眼前。
這個女忍者的面容姣好，肌膚如雪，卻透露出一股讓人不寒而栗的氣息。她的存在仿佛是一個巨大的謎團，讓人不禁想要一探究竟。
二代火影站在那里，他的面容被一張陌生的面孔所掩蓋，讓人難以辨認出他原本的模樣。然而，他那獨特的氣質和強大的氣場卻依然無法被掩蓋。他靜靜地凝視著第三代火影，眼中透露出一種自信和驕傲。
“老師，您看，我的轉生術已經成功了。”二代火影的聲音低沉而富有磁性，仿佛來自地獄的使者。他慢慢地抬起手，展示著自己新的身體，那是一個女忍者的身體，縴細而柔美。
第三代火影瞪大了眼楮，難以置信地看著眼前的一幕。他無法接受自己的弟子竟然用這樣的方式來證明自己的轉生術，更無法接受他奪取了一個無辜女忍者的身體，並將其作為自己的容器長達多年。
“大蛇丸，你……你怎麼能這樣做？”第三代火影的聲音充滿了震驚和失望，“你已經完全背離了忍者的道路，走上了一條不歸路。”
大蛇丸嘴角微微上揚，露出了一絲詭異的笑容。“老師，這就是力量的代價。為了獲得更強大的力量，我不得不采取一些極端的手段。”他的聲音中沒有絲毫的愧疚或悔恨，只有對力量的渴望和追求。
此時的大蛇丸，雖然靈魂依舊是他自己，但在生理上卻完全變成了一個女人。他的身體曲線柔美，長發如瀑，肌膚白皙如雪。當他無面具偽裝時，說話的聲音也變成了這個女忍者的聲音，清脆而悅耳，卻讓人感到一種說不出的詭異和不可思議。
第三代火影看著眼前這個既熟悉又陌生的大蛇丸，心中充滿了痛苦和無奈。他意識到，自己的弟子已經徹底瘋狂，無法再用言語來規勸他。面對如此瘋狂的大蛇丸，第三代火影決定不能再讓他繼續作惡下去，必須要清理門戶，以維護忍者世界的和平與正義。
于是，一場激烈的戰斗在兩人之間展開。一開始，他們旗鼓相當，難分勝負。然而，盡管第三代火影被譽為“最強火影”，但歲月不饒人，他畢竟年事已高，身體狀況大不如前，實力也有所下降。
在與大蛇丸的激烈交鋒中，第三代火影漸漸感到力不從心，難以招架。他的每一次攻擊都顯得有些吃力，而大蛇丸的攻勢卻越發猛烈。
在這關鍵時刻，第三代火影毅然決定使出當年四代目火影封印九尾時所用的忍術。這個忍術威力巨大，但同時也對施術者的身體造成極大的負擔。然而，為了戰勝大蛇丸，保護忍者世界，第三代火影毫不猶豫地選擇了冒險。——尸鬼封盡。這是一種極其強大且危險的忍術，需要付出巨大的代價。
只見三代火影召喚出兩個影分身，分別沖向初代火影和二代火影，以迅雷不及掩耳之勢將他們封印。而他的本體則直面大蛇丸，決心將其封印。
然而，就在封印的過程中，大蛇丸展現出了他的狡詐和陰險。他操縱著草雍劍，突然發動攻擊，狠狠地刺向第三代火影。這一擊讓三代火影身受重傷，鮮血四濺。
盡管遭受重創，第三代火影依然沒有放棄，他拼盡全力繼續施展尸鬼封盡。但由于傷勢過重，他最終未能完全封印大蛇丸，只是廢掉了他的雙手，讓他無法再使用忍術。
那麼，為什麼三代火影施展尸鬼封盡只能封印大蛇丸的一雙手呢？這其中的原因可能有很多。一方面，大蛇丸本身實力強大，他的抵抗使得封印過程變得異常艱難。另一方面，三代火影在戰斗中已經受傷，這無疑影響了他的封印效果。
無論如何，三代火影以自己的生命為代價，成功地保護了木葉村，阻止了大蛇丸摧毀木葉的計劃。而大蛇丸的雙手被廢掉後，他失去了使用忍術的能力，因為絕大部分忍術都需要通過手部結印和提煉查克拉才能施展出來。
無奈之下，他只能率領音忍們狼狽地撤退。而砂忍們在事後才驚覺，原來真正的風影早已被大蛇丸暗殺，于是他們趕緊與木葉重新簽訂和約。就這樣，大蛇丸精心策劃的木葉崩潰計劃，最終還是以失敗收場。
然而，大蛇丸並未善罷甘休。為了治愈自己那雙殘廢的手，他竟然帶著部下兜，主動前往短冊街，尋找傳說中的三忍之一、醫療聖手綱手，懇請她為自己診治。
面對大蛇丸的請求，綱手的態度異常堅決，絲毫不為所動。大蛇丸見狀，便使出了最後的殺手 ——他提出可以用穢土轉生這種禁術，讓綱手死去的弟弟和戀人復活，以此作為交易條件，並且只給綱手七日的時間考慮。
七日之後，雙方再次會面。然而，綱手依舊果斷地拒絕了大蛇丸的提議。大蛇丸和兜眼見無法說服綱手，便決定直接動手，將她制服，逼她為自己治療。
就在這千鈞一發之際，自來也和鳴人也恰好趕到了現場。
最初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點穩佔上風，但隨後綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創造再生，三忍展開大戰。
在一片荒蕪的土地上，三忍攻防戰正在激烈地展開！自來也和綱手聯手對抗著強大的大蛇丸。雙方你來我往，互不相讓，戰斗進入了白熱化階段。
就在這時，鳴人突然使出了剛剛學會的忍術——螺旋丸，狠狠地砸向了兜。這一招威力驚人，直接將兜重創。然而，鳴人也因為體力不支而昏倒在地。
與此同時，大蛇丸和自來也的戰斗愈發激烈。大蛇丸看準時機，想要趁此機會一舉解決掉鳴人。他手持利劍，如閃電般沖向鳴人。
然而，就在這千鈞一發之際，綱手迅速出手，擋住了大蛇丸的攻擊。大蛇丸的劍被綱手的怪力彈開，他的計劃落空了。
經過一番苦戰，大蛇丸和萬蛇最終都被擊敗。大蛇丸眼見局勢不利，只得帶著兜狼狽撤退。
在大蛇丸撤退之後，他開始忍受著巨大的痛苦。原來，他一直使用著一個女人的身體，而這個身體的雙手被封印，給他帶來了無盡的折磨。
為了擺脫這種痛苦，大蛇丸決定命令音忍四人眾前往勸說佐助投靠音隱村。他希望佐助能夠成為他的新容器，讓他重獲自由。
在佐助到來之前，大蛇丸實在無法忍受這種痛苦，他不得不拋棄那個已經無法使用雙手的美麗女人身體。由于轉生對靈魂有一定的損傷，所以在容器還能使用的時候，大蛇丸並不會輕易進行轉生。
于是，大蛇丸臨時選擇了忍者幻幽丸的身體作為自己的新容器，進行了靈魂轉生。
盡管後來音忍四人眾以及擁有血繼限界的君麻呂都徹底死亡了，但他們的任務其實已經完成——成功地讓佐助來到了音隱村。而大蛇丸則開始積極地對佐助進行各種培訓，顯然是想把佐助培養成下一個容器。
然而，當大蛇丸與鳴人展開對決時，卻出現了令人意想不到的情況。要知道，大蛇丸可是比自來也還要強大的存在，但他在對付四尾化的鳴人時，竟然顯得有些吃力。
時間一晃而過，三年之後，木葉村的“新第七班”隊長——大和，從“曉”的蠍那里得到了一個重要消息。原來，蠍曾經派往大蛇丸身邊的臥底，將會在天地橋與大蛇丸會面。大和意識到這可能是找到佐助線索的好機會，于是決定借此機會一探究竟。
令大蛇丸吃驚的是，那個被他當作試驗品的大和竟然還活著。更讓他意想不到的是，隨後他還要面對因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人。這場戰斗異常激烈，兜甚至稱之為“怪物之間的戰斗”。
然而，盡管大蛇丸實力強大，但他的身體已經達到了極限。最終，他不得不帶著兜以及團藏派來交涉的佐井一起離開。
就在這時，鳴人開啟了仙人模式，與大蛇丸展開了最後的對決。在這場激戰中，大蛇丸再次對佐助種下了天之咒印。
然而，大和班的眾人並沒有輕易放棄。他們一路追蹤，終于找到了大蛇丸的巢穴。在那里，他們發現了佐井，並成功地說服他歸隊。
隨後，大和班決定分成兩隊，以便更快地找到佐助的位置。其中一隊由佐井和鳴人組成，另一隊則是小櫻和大和。
在尋找佐助的途中，佐井和鳴人意外地遇到了大蛇丸。面對這個曾經的敵人，鳴人毫不猶豫地與他展開了激烈的戰斗。
然而，就在戰斗進行得如火如荼之際，鳴人卻做出了一個出人意料的決定。他讓佐井先去尋找佐助，自己則留下來拖住大蛇丸。
佐井深知鳴人的決心，于是他毫不猶豫地繼續前進，留下鳴人獨自面對大蛇丸。
與此同時，小櫻和大和也察覺到了這邊的情況，急忙趕來支援。當他們趕到時，大蛇丸似乎並不想與他們糾纏，瞬間便消失得無影無蹤。
沒過多久，鳴人、小櫻和佐助終于再度見面。然而，佐助的態度卻讓人意想不到。他不僅對鳴人等人毫無舊情，甚至還想要將他們全部殺掉。
就在這緊張的時刻，大蛇丸突然再次出現。令人驚訝的是，他竟然出手阻止了佐助的行動。
原來，大蛇丸認為鳴人他們還有利用價值，可以替他多殺掉幾個“曉”的成員。畢竟，大蛇丸曾經也是“曉”的一員，叛離組織後，他同樣也遭到了“曉”的追殺。
佐助似乎明白了大蛇丸的意圖，于是他放棄了殺害鳴人等人的念頭，與大蛇丸一同如鬼魅般消失在風中。
不尸轉生的三年期限結束後，連兜的藥也救不了他，大蛇丸認為是時候利用佐助的身體進行靈界轉生。
另一邊佐助認為大蛇丸該教他的全都學會了，沒有什麼利用價值，故先發制人，沖進其房間進行刺殺。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役術將自己變為體型龐大的巨蛇，威力極為強大。
大蛇丸打算通過此術來佔據佐助的身體，結果因身體極其虛弱，不敵佐助的寫輪眼而被佐助吸收，靈魂與力量被完全壓制。
之後，佐助與自己的哥哥鼬戰斗時，由于查克拉耗盡而釋放出了大蛇丸，他重見天日後使用出八岐之術，打算就此奪取佐助的身體，
同時與鼬一較高下，結果被自己苦心尋找的十拳劍封印了幾乎全部的查克拉，保命用的小白蛇也被鼬的天照燒死。
在第四次忍界大戰激烈進行之際，佐助、重吾和水月這三位忍者展開了一場驚心動魄的行動。他們的目標是將大蛇丸從御手洗紅豆的咒印中復活，並奪回佐助被兜奪走的查克拉以及兜在此期間所掌握的重要情報。
經過一番艱苦的努力，他們終于成功地讓大蛇丸重獲自由。大蛇丸感激涕零，與佐助、水月和重吾一同踏上了尋找真相的征程。
在宇智波一族的南賀神社，大蛇丸利用之前留下的卷軸內容，施展出了一種神秘的忍術。這一忍術竟然成功地將被尸鬼封盡封印的自己雙手以及前四代火影的靈魂釋放了出來！
緊接著，大蛇丸展現出了他驚人的實力和智慧。他巧妙地利用附身在佐助身上的白絕，施展了穢土轉生之術，成功地召喚出了前四代火影。
然而，施術的過程對大蛇丸的身體造成了巨大的負擔，使他的軀體瀕臨死亡。但大蛇丸並未放棄，他以驚人的毅力和決心，迅速逃離了瀕死的軀體，並奪取了一具具有初代細胞的白絕身體。
不僅如此，大蛇丸還在瞬間恢復了雙臂，展現出了他強大的再生能力。
在兜體內的這段時間里，大蛇丸經歷了許多思考和反省。他意識到，即使是一直模仿自己生存方式、處心積慮計劃一切的兜，最終也以失敗告終。
因此，大蛇丸決定放下過去的恩怨，選擇幫助佐助。他渴望見證一個與自己截然不同的人生，一個充滿希望和可能性的未來。