攻防戰結束後，三人組便將奪取目標暫定為艾倫。在某天晚上阿尼和萊納殺死了被調查兵團俘獲的兩只巨人，兩個巨人被殺使調查兵團警覺，不久後阿尼與阿明、柯尼等人一起接受立體機動裝置檢查。期間柯尼談起了畢業後的志願問題，他對接下來是否要去調查兵團猶豫不決，還問了下阿尼的意見，阿尼只是讓柯尼遵循自己的想法。
然後阿尼也問了阿明的意願，阿明說︰“我想，假如理解了不得不怎麼做的理由，那時候也有人也不得不去死。雖然這種事很討厭......”，阿尼听了之後明白了阿明是決定去調查兵團，對阿明說“你決定了啊...你雖然很弱，但卻很勇敢呢。”阿明也說“謝...謝謝，阿尼你其實挺溫柔呢。”
阿尼听後有些訝異，阿明解釋說“因為你似乎不希望我們加入調查兵團呢，而且你也是有原因才加入憲兵團的吧?”阿尼答道“不，我只是想讓自己得救罷了。”在當晚的解散儀式中，阿尼頭都沒回的離開了隊伍，加入了憲兵團。
阿尼獨自加入憲兵團在調查兵團第57次壁外調查中，阿尼變成女巨人首先襲擊了偵查陣型的右翼，並吸引巨人使右翼全滅，在沒有發現艾倫蹤跡後便調轉方向，突然出現在阿明等人所在的位置。
阿尼迅速消滅了試圖阻止她前進的兩個調查兵前輩，然後立刻追上阿明並將阿明從馬上擊下，正當阿明以為眼前的巨人即將殺掉自己時，阿尼卻只是掀起他的帽子看了看他，然後便直接離開了，使留在原地的阿明瑟瑟發抖。隨後萊納和讓接連趕到，萊納先是從阿明口中套出了艾倫位于陣型中央靠後的情報，之後讓建議他們三人協力吸引女巨人為了大部分撤退爭取。然後三人迅速開始行動，追上速度變慢了的阿尼，阿尼首先將阿明的馬拍飛，阿明從馬上摔下負傷。
阿尼蹲下低頭看著躺著地上的阿明，阿明在與女巨人對視時似乎察覺到了些什麼。後面的讓見阿明被擊倒，著急的沖向女巨人，阿尼立刻轉身揮拳攻擊讓，讓勉強躲過了這一擊。正當阿尼準備再次攻擊讓時，阿明突然在一旁大喊︰“讓！你要為右翼那個急著送死的家伙報仇啊！”
阿尼听到艾倫的外號，稍稍遲疑了一下，讓便趁機逃脫。接著萊納也沖向女巨人，阿尼立刻用女巨人的）手將萊納攥住，萊納便用刀刃將艾倫的位置刻在女巨人的手心中，然後劈開女巨人手指“逃走”，阿尼得到艾倫位置的情報後，立刻向陣型中央偏後方趕去。
在戰場上放走阿明
阿尼一直追趕調查兵團至巨木森林，並在樹林內的走廊發現了和利威爾班一起行動的艾倫。阿尼一路上殺死了許多試圖阻止她的調查兵，利威爾班的幾位成員見狀又驚又怒，向利威爾請求出戰。
但利威爾發射了信號彈後讓艾倫做決定，最終艾倫選擇相信伙伴，繼續前進。正當阿尼想要伸手抓住艾倫時，埋伏在四周的調查兵啟動陷阱，將女巨人控制住，使阿尼只能保護後頸動彈不得。調查兵團的刀刃無法切開女巨人的硬質化，于是埃爾文打算使用炸藥將女巨人的手臂炸開，但阿尼突然使用女巨人吸引無垢巨人的吼叫能力，大量奇行種蜂擁而來啃食女巨人，調查兵們拼命阻止奇行種啃食女巨人，但由于奇行種數量太多，女巨人還是被啃食一空，阿尼也利用巨人產生的蒸氣逃脫。
見此情景，埃爾文只能無奈選擇撤退。正當艾倫和利威爾班準備撤退時，阿尼偽裝成調查兵發射了信號彈，艾倫等人誤以為是利威爾的信號于是趕緊前往阿尼的方位，阿尼首先用刀刃瞬間殺死了其中一名成員，然後再次變身為女巨人。
艾倫見狀想要變成巨人，但是被利威爾班阻止，因為艾倫的巨人之力存在風險，利威爾班也希望艾倫能夠相信他們的實力。于是，艾倫選擇了相信伙伴。但沒有戰斗多久利威爾班另外三名成員就全被阿尼殺死，艾倫目睹了伙伴全滅之後憤怒的變身為巨人，不顧一切的向女巨人阿尼）沖來。雙方在森林里展開了激烈的搏斗，一開始阿尼被艾倫發瘋似的猛攻嚇到，在戰斗中處于被動，但阿尼反應過來之後立刻使用自己的格斗技加硬質化能力秒殺了艾倫的巨人，並把艾倫本體從巨人後頸中咬出逃離森林。
一戰艾倫巨大森林之戰）踫巧趕到的三笠目睹了女巨人阿尼）將艾倫帶走，于是不停的追趕阿尼，阿尼一邊奔跑一邊與三笠交戰，隨後兵長利威爾也趕到。利威爾在與三笠交談之後一起向阿尼發起進攻，結果阿尼不敵利威爾，女巨人幾乎喪失戰斗能力，艾倫也被利威爾奪回。利威爾在帶著艾倫離開時回頭看了一眼女巨人，他驚訝的發現女巨人竟然流下了眼淚。
第57次壁外調查最終以調查兵團的慘重失敗結束，調查兵團在回去的街道上遭到了無數質疑和白眼。嚴重的損失使調查兵團失勢，團長埃爾文被傳喚到王都，艾倫也即將被引渡。
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任務失敗後以巨人的姿態流下眼淚突襲斯托赫斯區在第57次壁外調查結束之後的一個早上，阿尼因為室友希琪沒有叫她起來所以起了晚床。憲兵馬爾洛對憲兵團的腐敗十分不滿，說憲兵團都是一群只會考慮自身利益的人渣，還說自己與其他憲兵不是同類，因為他是為了改變憲兵團才來到這里的，並說了自己爬到上位之後想做的事。
一直沒有說話的阿尼听到後問︰“難道說你自己或者遭受過不公?”馬爾洛說沒有，他不會殺掉他們，而是想讓他們得到教訓，還說只是想人們變回本性善良的普通人，阿尼听後卻說馬爾洛是錯的。阿尼說馬爾洛是正直的人，自己也敬佩像他這樣的人，但他這種人是珍稀動物，並不是普通人，而是特殊的人，而阿尼自己這樣的就是人渣、壞蛋，總之不能算正直的人，但確確實實是“普通的人類”，她只是想把這種只會隨波逐流的懦夫也稱為人。其他憲兵听完後沒有多說什麼，只是調侃阿尼突然打開了話匣子，然後便去執行任務了。
無論你是否願意，清晨依舊來臨。在路上，阿尼突然被藏在牆角的阿明叫住，阿尼便離開隊伍去見阿明。看見阿明奇怪的裝束，阿尼問阿明有什麼事，阿明請求阿尼能幫助艾倫逃跑，阿尼覺得他們的計劃太荒唐，拒絕了阿明然後轉身離開。在阿明的一再懇求下，阿尼問道︰“在你眼里我是那種樂于助人的好人嗎？”阿明回答說︰“好人嗎？我不喜歡這種說法，因為我覺得這只是人們用來稱呼對自己有用的人的。我認為不存在對所有都有用的人，就算你做了對某人有益的事，或許也會傷害到其他人......所以，阿尼如果不幫我們，那阿尼對我來說就是壞人了。”阿尼听後沉默了片刻，然後戴上用于變身的戒指後答應了阿明。
“微笑”
但走到一處地下室時，阿尼卻停在了門口，察覺到周圍不對的阿尼表情陰狠的對阿明說︰“唉......真讓我傷心。阿明你到底是什麼時候用那種眼神看我的？”阿明提到了馬可的立體機動裝置，並問阿尼那兩只被活捉的巨人是不是她殺的。阿尼沒有直接回答，而是將頭扭到一邊問道︰“誰知道呢，可是，如果你一個月前就考慮到這一步。
為什麼，不在那個時候采取行動？”阿明听後震驚的說不出話，一會兒後顫抖著說“我到現在也不願意相信......可那時候阿尼你不也是沒有殺我才淪落到這種地步的嗎？”
阿尼自言自語的說“是啊，我也是這麼想的，我居然會被你逼到這種地步，那時候......到底是為什麼呢？”
這時著急的艾倫喊著讓阿尼下來證明某些東西，但阿尼只是喃喃自語道︰“我沒資格當一名戰士......”而阿明還試圖和阿尼交談一下，早已失去耐心的三笠打斷了阿明，拔出刀刃揚言要把女巨人阿尼）大卸八塊。
阿尼露出了一個詭異的笑容，然後對阿明說︰“阿明，我對你來說是好人真是太好了，這次姑且算你賭贏了......不過，我的賭局才剛剛開始。”然後做了一個想咬手變身的動作。眼疾手快的阿明立刻發出信號彈，埋伏在周圍的調查兵一擁而上，將阿尼控制住，但阿尼還是用手上戒指的機關劃傷了自己，變身為巨人......
地下室入口的對峙原來，阿明先通過女巨人對艾倫外號有反應這一點將嫌疑人範圍縮小至104期之內，再加上他注意到了阿尼用馬可的立體機動裝置應付檢查，于是阿明便將女巨人身份和殺死被俘虜的兩只巨人的嫌疑人鎖定在了阿尼身上，而三笠也覺得女巨人的面貌和阿尼很像。盡管沒有直接的證據，但調查兵團還是決定將阿尼引進地下室，然後進行抓捕，于是便有了地下室入口的那一幕。
阿明發現馬可的立體機動裝置
阿尼變身後艾倫、三笠、阿明立刻逃進地下通道商議下一步計劃，阿尼在地上毫無顧忌的破壞地下通道，艾倫打算變身保護三笠和阿明，但不知為何艾倫無論怎麼弄傷自己都無法變身。
三笠見狀質問艾倫︰“......其實你明白吧？女巨人就是阿尼，那你又怎麼能不戰斗？難道......與什麼特殊的感情妨礙了你的判斷？”阿明這時也想好了計劃，由他和三笠分別由地下室的兩個出口同時沖出來，阿尼只能應付其中一個，艾倫就可以趁機逃走。三笠听罷立刻和阿明開始行動，艾倫看到二人赴死似的行為，問道︰“為什麼你們......能戰斗啊？”
三笠回頭答道︰“沒辦法的吧？因為這個世界是殘酷的。”艾倫听後終于下定了決心，變身為巨人從地下沖出，揮拳打飛了女巨人。女巨人從空中落下時砸中了一座建築，造成了里面的平民大量死亡，阿尼看著死在自己手下的平民，露出了驚恐了神色，然後便逃到一處空曠地帶，與追趕而來的艾倫交戰。阿尼無心戀戰，擺脫艾倫後便向牆壁跑去，試圖攀爬牆壁逃走，速度快到立體機動裝置無法追上。
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阿明讓巨人化的艾倫用手將三笠拋出去追上阿尼，三笠在空中將女巨人的手指斬斷，墜落到地上的阿尼很快就被艾倫和調查兵們制服。在即將被調查兵團俘獲之時，阿尼想起了和父親的約定，毅然決然的使用硬質化能力將自己包裹在水晶之中，調查兵團對硬質化水晶毫無辦法，無法從阿尼口中得到任何情報，只能將阿尼關押在斯托赫斯區的地下深處。
“沉睡”期間
在瑪利亞之牆之戰爆發前，萊納因為想先去營救阿尼而與吉克在巨人狀態爆發了戰斗，結果是萊納被擊敗，于是只能服從吉克先奪取“坐標”的安排。
在四年後于阿尼故鄉雷貝里歐舉辦的馬萊向帕拉迪島宣戰儀式的那天晚上，前來觀看儀式的萊納母親與阿尼父親談到了阿尼。因為阿尼沒有回來阿尼的父親對萊納母親一番冷嘲熱諷，但萊納母親覺得阿尼也像貝爾托特一樣“把一切都獻給了馬萊”，但是卻被阿尼父親否定了，他相信阿尼還活著，因為阿尼答應過他一定會回來。
阿尼的父親就在宣戰儀式的同一天晚上，調查兵團突襲了收容區。這場戰役不僅重創了馬萊軍隊，也給收容區的平民造成了巨大傷亡。調查兵團凱旋後，阿明獨自一人坐在地下室，給水晶中的阿尼講起了調查兵團與反馬萊義勇兵聯合的往事，對阿尼訴說著心中的苦楚，並希望阿尼能對他做出答復。
一段時間後，阿明又來到了關押阿尼的地下室，當他伸手去觸摸水晶時被突然出現的希琪抓了現行。阿明急忙解釋自己是為了通過接觸獲取情報，而不是想做什麼“虧心事”，並懇求希琪不要禁止自己出入。希琪表示不會這麼做，因為只有自己陪阿尼說話阿尼也會覺得無聊，隨後希琪對阿尼說到︰“真是的，你只是在睡而已為什麼還這麼受歡迎啊。”
阿明對水晶中的阿尼傾訴醒來854年，在馬萊突襲帕拉迪島的那一天，艾倫排除重重阻攔通過與吉克接觸獲得了始祖巨人之力，發動地鳴解除了島上所有的硬質化，釋放出了牆壁內的巨人。包裹阿尼的水晶也在同一瞬間溶解，這個決定回到父親身邊的女孩在“沉睡”了四年之後終于在地下室醒來了。
溶解與此同時，正在清理牆巨造成的廢墟的希琪察覺到了地下室的異樣，前去查看時被隱藏在角落的阿尼挾持，結果身體虛弱的阿尼被希琪輕易制服，阿尼提前將手割傷以變成巨人要挾希琪，希琪思考之後決定帶阿尼離開。二人到達馬廄後，阿尼提到自己在水晶中還存在意識，四年來通過阿明和希琪的話大致了解了外界的情況，也和其他艾爾迪亞人一樣听到了艾倫的滅世宣言。
在和希琪一起騎馬走在大街的路上，希琪問阿尼看到被她和艾倫造成的尸體時有什麼感想，阿尼便對希琪說了自己內心的想法，講起了自己的身世，還說︰“我呢...有個等著我回去的父親。而且...其他人跟我一樣，也有對他們來說很重要的人...我不再覺得一切都不重要了。我的確認為自己之前犯下了無法挽回的罪。
......不過，如果那是為了回到父親身邊，我還是會做相同的事。”希琪很高興阿尼能告訴她這些，但接下來惋惜的說︰“但是，就算你回到父親身邊，可能也只剩下瓦礫堆和尸體了。”阿尼默默的答道︰“......是啊。”
20歲的阿尼
此時的雷貝里歐收容區也發生了劇變，以阿尼父親為首的听到了滅世宣言的艾爾迪亞人要求馬萊守衛允許他們逃離這里。然而馬萊守衛不僅不相信他們的說法，還蠻橫無理的認定收容區的人犯下了共謀罪，強迫眾人跪下要將他們全部逮捕。阿尼父親在跪下時想起了當年與女兒的約定，突然起身大喊著用格斗術向守衛發起攻擊，在一陣槍聲之後，鏡頭調轉，阿尼父親和其他戰士家屬生死不明......
阿尼和父親的約定第二天早上，阿尼外面吃飯時與阿明、柯尼、賈碧、法爾科偶遇，阿尼狼狽的吃相遭到柯尼的無情嘲諷，隨後阿尼給希琪留下紙條，感謝了希琪四年來的陪伴並向她告別，然後同阿明等人去與三笠會和。在乘坐馬車前去與韓吉會和的路上，阿尼注意到了遠處的閣樓有人在看著他們後續劇情揭示為教官夏迪斯）。
與阿明等人偶遇加入救世小隊當晚，阿尼等人與韓吉、馬加特一行人會和。阿尼對他們關于馬萊與艾爾迪亞歷史恩怨的爭執毫無興趣，直問調查兵團能不能殺掉艾倫，三笠說解決方法並不是只有殺了艾倫一個，阿明認為應該先和艾倫交談。阿尼對他們的回答感到失望，尖刻的對三笠說“要是故鄉在馬萊的我們想要除掉艾倫...你們一定會為了保護艾倫而跟我們戰斗...結果一定是這樣吧?
三笠，畢竟你應該沒有想過還有什麼比艾倫更重要了吧？”結果激怒了三笠，差點造成沖突，最終阿尼做出讓步，同意先和艾倫對話，隨後韓吉打圓場讓大家吃飯。在眾人圍坐在篝火前吃飯說話時，伊蓮娜向讓提起了當年馬可死亡的真相。在讓的眼神質問下，阿尼承認是自己拿走了馬可的立體機動裝置才導致馬可被巨人吃掉，萊納也立刻解釋阿尼只是服從自己的命令，萊納主動擔起責任令阿尼有些意外，萊納被讓痛毆之後阿尼蹲在萊納身旁查看他的傷勢。次日，阿尼與眾人一同前往港口。
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終結之夜到達港口附近之後，眾人發現耶格爾派已經佔領了港口。阿尼認為想要奪得飛船只有在瞬間殺掉敵人，因此必須要用到所有人的力量，但是調查兵團眾人卻不想同室操戈，阿尼對調查兵團的反應很不滿意，並質問阿明，讓阿明給出一個兩全其美的方法，就像當初把她逼到絕境一樣。
萊納建議不讓調查兵團出面，但是接下來韓吉推測“地鳴”已經抵達馬萊大陸令眾人十分震驚，終結了眾人的對話。馬加特放下身段對調查兵團鞠躬道歉，並向調查兵團求助，但被阿明一口回絕實際上調查兵團還是幫忙了）。阿明和柯尼先去騙弗洛克說他們在追擊車巨和鎧巨，需要日出國的飛船和技術人員，試圖在不爆發沖突的情況下帶走技術人員和飛船，可卻被弗洛克識破，雙方還是爆發了戰斗。
在計劃暴露後，阿尼和萊納在港口變成巨人吸引耶格爾派火力，但不久後計劃改變，阿尼需要和萊納保護日出國的技術人員和飛艇，遭到大量雷槍攻擊，期間萊納用巨人身體幫阿尼當下了一次致命攻擊，最終阿尼和萊納在巨人狀態下遭耶格爾派重創，失去行動能力。在千鈞一發之際，柯尼挺身救下了二人，隨後阿尼被三笠扶上輪船。
和萊納在港口變身在輪船駛往機庫的路上，阿尼得知故鄉已經無法被拯救，精神幾近崩潰，想要退出救世小隊。韓吉告訴阿尼他們此行不是為了馬萊或者雷貝里歐，只是為了盡量多救一個陌生人，阿尼听到後對著眾人說︰“如果是這樣，那我回到最初的問題，你能殺掉艾倫嗎？在我要殺了艾倫的時候...你會只是眼睜睜地看著嗎？我已經不想再戰斗了。我不想跟你互相殘殺。還有你們...還有艾倫...”
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