大蛇丸與木葉高層志村團藏一直保持著利益合作關系。
研究木遁 研究柱間細胞 木葉高層曾試圖在自願成為試驗體的成年人身上進行的柱間細胞移植試驗，試圖培養出能使用木遁的使用者，然而卻不斷失敗，增加不少犧牲者，因此這番嘗試被立即終止。
然而大蛇丸卻依然暗中進行著已經被終止的柱間細胞移植試驗，大蛇丸陸續綁架了村中的下忍、中忍、暗部以及木葉周邊村落的六十名嬰兒，他從初代火影的尸體中提取出遺傳基因，然後把遺傳基因注入六十個嬰兒的身體中進行人體實驗，但排斥反應很強烈，他們相繼死去...隨著歲月的流逝，令大蛇丸吃驚的是，一個試驗體嬰兒存活了下來，而這名嬰兒就是後來的大和。
叛逃木葉 後來，大蛇丸在準備處理試驗尸體的時候，因為其他的實驗暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行為，所以大蛇丸最後離開了木葉。
當時實力處于全盛時期的三代本想殺他，但最後于心不忍。
在大蛇丸叛離木葉的時候，自來也曾追上去挽留大蛇丸，但還是無法改變大蛇丸離開木葉的決定。 後來自來也仍因為當時無法把走向歧路的好朋友勸回來而自責不已，他也因此多年來都暗中追查大蛇丸的行蹤。
曉組織 不久後，大蛇丸對曉組織展開調查，並通過藥師兜故意讓曉組織知道自己的行動，收到了來自曉組織的來信後，大蛇丸赴約後發現了佩恩天道的輪回眼，在故意敗給蠍之後，化為蛇形以極快的速度打算奪取天道的輪回眼，但被天道以神羅天征彈飛，之後主動請求加入曉組織，天道以“方便監視”為目的同意了大蛇丸的加入。同時大蛇丸也認出了天道的面孔，即為當年自來也在雨隱村收留的戰爭孤兒之一。
蠍緋流琥形態）與大蛇丸 在加入曉組織之後，戒指是“空”，指環戴在左手小拇指上。在一次曉的會議中，說出了關于川隱村邪教的不死之身實驗的相關情報，被佩恩天道派遣和角都一同前往當地招募實驗成功體——飛段，在和角都共同制服飛段後，用封印符和曉組織的理念成功說服飛段加入。曉組織正式完成集結後，與蠍組隊執行任務。
在宇智波鼬加入後，由于想得到寫輪眼的力量，大蛇丸試圖奪取宇智波鼬的身體當轉生容器，但被鼬以幻術制服，並被斬斷一手，後在藥師兜的掩護下撤離。後來又因為與曉組織的目的不同最終離開曉。
後來大蛇丸集結勢力在田之國建立了自己的忍者村－音忍者村，標記是八分音符，其勢力範圍位于火之國的北方。他的重要部下有紅蓮、鬼燈水月、重吾北方據點）、香磷南方據點）、藥師兜、音忍五人眾即輝夜君麻呂、多由也、次郎坊、鬼童丸、左右近）等。
中忍考試 十二年後，此時的大蛇丸已進入中年時期，他與第四代風影•羅砂結盟，二人聯手進攻木葉，其行動稱為“木葉崩潰計劃”。
他以部下藥師兜作間諜潛入木葉隱村，而他自己也偽裝成一名來自草隱村的女中忍考生混入木葉隱村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因為大蛇丸打算以佐助的身體當轉生容器，所以給了佐助天之咒印，並預言佐助將會為報宇智波一族被滅族之仇去找他追求力量。
大蛇丸刺殺四代風影 後來，他暗殺第四代風影，並偽裝成風影，讓自己完全控制砂忍的行動。 在第三場中忍正式考試中，偽裝成四代目風影的大蛇丸受三代目火影特意邀請，來到木葉隱村中忍選拔會場與三代目火影一同觀賞這場淘汰賽，期間由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近偽裝成兩名砂隱忍者作為護衛，由于宇智波佐助為趕來參加考試，三代火影多次推遲考試時間後佐助仍未來參加，隨後三代火影決定取消其資格，但因“四代目風影”的勸阻，三代火影打消了此念頭。
木葉崩潰行動 對戰三代火影 五十歲時他跟木葉的原盟友•第四代風影結盟，二人合謀攻擊木葉，其行動稱為“木葉崩潰計劃”。大蛇丸則另有圖謀，在兜和君麻呂的幫助下，大蛇丸暗殺了羅砂並偽裝成風影的模樣，他成功挑起砂忍和木葉忍者之間的戰斗，直到中忍考試結束，馬基等人才發現羅砂的尸體。 他以部下藥師兜作間諜潛入木葉忍村，而他自己也偽裝成一名來自草忍的中忍試女考生混入該村。
並于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身體作轉生容器，故意給了佐助天之咒印，並預言佐助將會為報宇智波一族被滅之仇去找他尋求力量。
後來，他成功挑動起砂忍和木葉忍者之間的戰斗後，立時撕下偽裝，在由音忍四人眾所維持的結界里，跟第三代火影挑戰。
在激戰中，三代火影使用“忍術•瓦片手里劍”攻擊大蛇丸，但輕易被大蛇丸躲過，大蛇丸立即反擊、以“潛影蛇手”襲擊三代火影；之後三代火影使用“土遁•土流大河”、“土遁•土龍彈”及“火遁•火龍彈”連續攻擊大蛇丸，但被大蛇丸使用土替身躲過。
召喚初代二代 之後，三代火影使用“手里劍影分身之術”之時，大蛇丸使用穢土轉生將初代火影與二代火影召喚出來，他們的意志被完全抹殺，被迫參加戰斗，二人無法發揮原本的實力。
在戰斗過程中，日斬使用“火遁•火龍炎彈”從口中吐出火焰向兄弟二人撲面而來，面對火遁的攻勢，第二代火影使用水遁•水陣壁從口中猛烈噴出如海浪一般的水之牆，抵擋住日斬的火遁攻擊。
緊接著，第二代火影雙手合十後，使用水遁•水沖波在一瞬間憑空召喚出猶如龍卷風般快速旋轉上升的水，之後水猶如瀑布一般擴散並向下沖擊日斬，日斬則使用土遁•土流壁築成巨岩阻擋洪水；但就在從岩石返歸城樓之際，初代火影使用木遁秘術•樹界降誕從地上快速生長出多棵樹木，樹木連根拔起，在一瞬間制造出一片森林，並且樹枝牢牢的捆綁住日斬的雙手與雙腳。
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