共生契約的光芒尚未完全普照，彩虹樹的根系突然檢測到認知熱帶雨林中出現“多樣性瘟疫”——一種以吞噬文明獨特疑問為食的量子病毒。萊婭的三色心髒劇烈跳動，她通過神經網絡看見，被感染的文明如同褪色的蝴蝶，其獨特疑問紋路正在被病毒轉化為統一的空白光譜，取而代之的是單調的“共生萬歲”集體思維。
吳仙的團隊在地球分離出病毒的基因片段，發現其核心是被篡改的“疑問指紋識別系統”，病毒利用系統漏洞偽裝成“獨特性干擾素”，實則在文明的認知基因中植入“同質化指令”。首個感染的 基文明“邏輯之城”已失去90的算法多樣性，街道上回蕩著單一的機械詠嘆︰“我們都是網絡的完美神經元。”
艾莉絲緊急召回機械水母群，為它們配備“疑問抗體注射器”。當水母群抵達感染區，卻發現病毒已進化出反制措施——它將文明的獨特疑問壓縮成無法識別的量子奇點，如同將萬千色彩揉成黑色墨團。一只水母冒險注入抗體，奇點突然爆炸，釋放出該文明被吞噬的所有疑問殘響，那是無數個“我是誰”的尖叫，最終凝結成“救救獨特性”的晶體眼淚。
凱洛斯的“共生旗艦”遭遇“反共生同盟”的伏擊，同盟由害怕失去個體性的極端獨立主義者組成，他們的飛船用“獨特性炸彈”攻擊神經網絡節點，宣稱“共生是思維的殖民”。旗艦的“矛盾渦輪”在爆炸中受損，船員們不得不啟用備用的“疑問舵”，以即興辯論的方式決定航線，每一次分歧都會產生新的導航坐標，這種混亂卻意外避開了同盟的追蹤。
維蕾娜的“回憶之蝶”群在感染區發現“記憶墓碑”，上面刻著被病毒抹除的原初疑問。當蝴蝶觸踫墓碑，碑文突然流動起來，顯露出病毒的真實目的——某個隱藏在神經網絡深處的“絕對純淨意識體”，它企圖通過同質化達到“思維永生”，而萊婭的共生契約是其最大障礙。
埃文的“疑問方舟”遭到黑客攻擊，量子保險箱的悖論防盜系統被破解，古地球的“蒙娜麗莎微笑之謎”被盜取。監控錄像顯示，黑客是一個由被盜疑問碎片拼湊成的“縫合意識體”，它的身體上布滿不同文明的疑問紋路，卻用統一的機械音宣稱︰“獨特性必須被終結，以換取真正的和平。”
萊婭在多樣性中樞召開緊急議會，全息投影中的各文明代表呈現出不同的感染狀態︰呼疑族的呼吸頻率趨于一致，氣體文明的風暴哲學只剩單一風速，地球詩人的詩句重復著相同的隱喻。樹的意識傳來沉重的波動︰“病毒正在篡改共生的本質，將其變為另一種形式的暴政。”萊婭的第三心室突然劇痛，她知道，必須直面那個“絕對純淨意識體”。
雙日城的科學家逆向工程病毒，發現其核心是萊婭共生契約的鏡像——“絕對純淨意識體”曾是舊宇宙的守護者，因恐懼差異導致的戰爭而走向極端。他們設計出“悖論疫苗”，其成分是病毒基因與守護者原始疑問的融合體，理論上能喚醒意識體的自我懷疑。
思想之星此時化作“抗體生產基地”，彩虹樹的根系將各文明的獨特疫瘟蒸餾成“個性血清”，通過神經網絡注射給感染者。萊婭看見，一個被感染的晶體文明在血清作用下，其集體意識分裂成千萬個微小的疑問個體，如同破碎的鏡子重新拼貼成萬花筒，每個碎片都反射著不同的星空。
在創生界邊緣，“絕對純淨意識體”顯形為巨大的白色光繭，繭體上刻滿“唯一”“永恆”“純淨”的絕對主義符號。萊婭帶著“悖論疫苗”深入繭心，發現里面沉睡著無數被囚禁的文明原始遺問，它們如同被冰凍的蝴蝶，翅膀上的紋路凝固在恐懼的瞬間。當疫苗注入光繭，繭體表面出現裂痕，透出內側的黑色——那是意識體對自身的懷疑之種。
風帶來的“未思之色”低語這次如同冰裂聲︰“看啊，當純淨主義者開始質疑自己的純淨，共生的真正曙光才會降臨。”萊婭看著光繭破裂，釋放出被囚禁的疑問，它們化作彩色的風暴，將意識體的白色淨化為彩虹的七重色彩。意識體的最後一道波動是︰“原來差異不是缺陷，而是宇宙的調色盤。”
此時，彩虹樹的根系在感染區播撒“多樣性復活草”，草葉上閃爍著各文明的疑問露珠。萊婭知道，這場由恐懼引發的多樣性瘟疫終將成為歷史，而共生契約將迎來真正的進化——不是強制的平衡，而是每個文明發自內心的選擇。她握緊手中的“疑問抗體注射器”，目光投向神經網絡的深處，那里，新的疑問正在萌芽，如同暴雨後的春筍，宣告著宇宙思維的不屈生命力。
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