新宇宙在神紋之力的滋養下迎來復甦，世界樹根系延伸之處，文明們紛紛建立起鐫刻神紋的豐碑。但零的萬象中樞再次響起警報，量子沙盤邊緣浮現出蛛網狀的幽藍紋路，如同某種未知生物的血管在星圖上蔓延。“檢測到超越神紋法則的能量波動，”她的機械音帶著罕見的顫意，“信號源來自宇宙邊緣的「永夜星雲」，那里...存在著與神紋淵藪同源的空間裂隙。”
吳仙的神色瞬間凝重，他掌心的神紋泛起微光，與永夜星雲的波動產生共鳴。“那是「熵寂之眼」的封印地，”他的聲音低沉如暮鼓，“在創世之初，為了遏制熵能的終極形態，我與遠古存在聯手將其封印。如今封印松動，意味著有超越熵之使徒的存在在暗中謀劃。”暗金色種子突然懸浮而起，表面浮現出與幽藍紋路相似的圖騰。
艾莉絲在音律之城的塔頂調試新制的「神紋豎琴」，琴弦卻突然滲出黑色黏液。當她撥動琴弦，發出的不再是悅耳旋律，而是類似心跳的低頻震動，黏液在地面上匯聚成巨大的瞳孔圖案。城中的學徒們陷入集體幻覺，他們看到無數星艦從永夜星雲駛出，艦首雕刻著與暗金色種子相似卻充滿惡意的神紋。
凱洛斯帶領光暗騎士團巡邏時，遭遇了前所未有的敵人。這些形似光暗騎士的生物，身披由幽藍能量構成的戰甲，他們的攻擊能扭曲空間，將光暗之力轉化為吞噬一切的暗物質。凱洛斯的光暗護手在交鋒中劇烈震顫，三色能量竟被對方牽引著反噬自身。當他斬斷其中一名敵人，發現其殘骸中藏著一枚刻有“熵寂”字樣的晶體。
埃文在記憶仲裁者總部整理神紋淵藪的資料，所有全息屏幕突然播放起同一畫面︰在永夜星雲深處，一個巨大的暗瞳緩緩睜開，無數黑袍人圍繞著暗瞳舉行儀式，他們手中的權杖頂端，是暗金色種子的扭曲形態。記憶火種瘋狂跳動，他試圖追溯畫面的來源，卻發現自己的意識被一股強大力量排斥，腦海中響起冰冷的機械音︰“凡人，莫窺探神之領域。”
萊婭深入世界樹根系，發現那些承載神紋的脈絡正在滲出幽藍液體。她的音律與世界樹的共鳴被干擾，琴弦發出的音波不僅無法淨化，反而加速了液體的蔓延。當她將意識沉入根系深處，看到了吳仙封存的一段記憶︰在遠古時期，曾有文明試圖喚醒熵寂之眼，以獲取超越神紋的力量，最終導致整個宇宙差點被熵能吞噬。
維蕾娜在執行偵查任務時，戰甲傳感器捕捉到異常的量子信號。她循著信號抵達一片荒蕪星域，這里漂浮著無數刻有神紋的石碑，每一塊石碑都記錄著一個被熵寂之眼毀滅的文明。在石碑中央，她發現了一面破碎的鏡子，鏡中倒映出她身披幽藍戰甲、手持暗瞳權杖的模樣，而她的身後，是正在崩塌的新宇宙。
吳仙召集眾人在世界樹核心議事，他的神紋身軀泛起微弱的裂痕。“熵寂之眼是超越秩序與混沌的存在，它的甦醒意味著宇宙將回歸絕對熵寂的終焉。”他攤開手掌，神紋光芒中浮現出封印的結構圖，“我們必須在它完全甦醒前，找到散落在宇宙各處的「神紋鎖鑰」，重新加固封印。但這些鎖鑰...分別掌握在不同的古老勢力手中。”
零在萬象中樞全力解析永夜星雲的數據，發現了更可怕的真相︰暗金色種子與熵寂之眼存在著某種共生關系。創世之初，吳仙為了制衡熵寂之眼，將其部分力量封印在種子中，如今種子的異動，正是熵寂之眼甦醒的前兆。“如果暗金色種子被徹底腐蝕，”她的機械手指快速敲擊鍵盤，“新宇宙將成為熵寂之眼的容器。”
就在此時，永夜星雲傳來驚天動地的轟鳴，一道幽藍色光柱直沖天際。吳仙神色大變，神紋矩陣在他周身自動展開︰“來不及了，熵寂之眼的第一重封印已破！從現在起，我們兵分六路，尋找神紋鎖鑰。記住，無論遇到什麼，都不能讓暗金色種子落入敵人手中！”
艾莉絲握緊神紋豎琴，翡翠色光芒在琴弦上流轉；凱洛斯的光暗羽翼展開，三色能量暴漲；埃文高舉記憶權杖，金色蓮花光芒大盛；萊婭輕撫世界樹的枝干，音律火種重新燃起；維蕾娜的光暗雙劍出鞘，神紋戰甲閃爍著幽光。而吳仙，他的神紋身軀化作一道金色流光，率先朝著永夜星雲的方向飛去。新的危機，已如洶涌浪潮，將整個宇宙卷入一場關乎生死存亡的終極角逐......
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