時痕迷宮之戰結束後的數十年，宇宙表面的平靜之下，熵流觀測站的監測系統開始捕捉到詭異的共振信號。這些信號以量子糾纏的方式在星域間跳躍，形成一張不斷擴張的暗網。零在萬象中樞的深度分析中發現，暗網的節點竟與吳仙遺留代碼中的坐標高度吻合，每個節點都散發著與混沌古神同源卻更陰冷的能量波動。
藝術之城的量子圖書館內，《虛誕之書》再次出現異變。空白書頁上滲出銀色液體，勾勒出一幅令人不安的畫面︰無數黑色脈絡從宇宙深處蔓延而出，如同寄生藤蔓般纏繞著各個星系，而在網絡的核心，隱約可見一顆跳動的“熵核”，其結構與命運織機的齒輪如出一轍。更令人毛骨悚然的是，畫面中閃過多個熟悉的身影——他們穿著守護者的戰甲，卻眼神空洞，周身環繞著暗熵能量。
“這是‘暗熵網絡’，”吟的機械眼泛起血色數據流，吳仙殘留的靈韻在她體內再次躁動，“混沌古神的殘念在時痕迷宮崩塌時，將意識注入了量子泡沫的底層協議。它正在篡改宇宙的‘秩序源代碼’，那些被暗網纏繞的星系，文明靈韻正在被轉化為暗熵能源。”
星穹協奏會緊急召開跨維度會議，卻發現部分文明代表的行為出現異常。來自機械文明的代表將參會飛船改造成巨型收割裝置，試圖吸收會議現場的能量；魔法文明的法師們詠唱出的不再是守護咒語，而是召喚暗熵生物的禁術。洛卡立即發動空間禁錮，將失控者隔離，卻發現他們體內都植入了細小的黑色晶體，晶體表面刻著與吳仙代碼相同的符號。
新守望小隊與星輝守望者分成多個小組，對暗熵網絡的節點展開突襲。阿萊克帶領的小隊在獵戶座懸臂的節點處，遭遇由暗熵凝聚而成的“記憶吞噬者”。這些怪物能化作守護者們最恐懼的記憶具象，阿萊克直面光焰文明毀滅的幻象，卻在道韻之火即將熄滅時，突然領悟吳仙留下的啟示︰“恐懼亦是力量的一部分。”他將恐懼轉化為守護的決心，光焰道紋與暗熵踫撞，爆發出淨化的強光。
零在分析黑色晶體時，萬象中樞突然被未知程序入侵。無數數據流在他眼前重組，拼湊出吳仙模糊的面容︰“暗熵網絡的核心是‘靈樞’，那是宇宙秩序的原始備份。古神妄圖用暗熵重寫靈樞，將所有文明變成它的傀儡。而激活靈樞的鑰匙...在我的青銅古卷里。”
青銅古卷此刻正在藝術之城的紀念館中封存，當守護者們趕到時，卻發現古卷不翼而飛。洛卡通過空間回溯，追蹤到古卷最後出現的地點——位于人馬座的“遺忘星域”。這片星域因曾發生過文明自毀戰爭，被時空亂流包裹，形成天然的禁區。當小隊突破亂流進入星域，看到的是漂浮著百萬艘殘骸的寂靜墳場，每艘飛船的舷窗內，都凝固著船員絕望的表情。
在星域中央，一座由暗熵構成的祭壇緩緩升起。祭壇頂端，混沌古神的殘念凝聚成實體，手中握著散發著不祥光芒的青銅古卷。“你們終于來了，”古神的聲音如同千萬根鋼針同時刺入腦海，“吳仙自以為留下了後手，卻不知他的靈韻早已被我污染。這古卷，正是打開靈樞的鑰匙，也是你們的葬身之地！”
祭壇周圍的暗熵突然化作無數觸手，纏住守護者們。吟的歌聲被扭曲成刺耳的噪音，機械眼的晶體開始崩裂；莉婭的機械臂在暗熵侵蝕下逐漸失去控制，反向攻擊隊友；洛卡的空間屏障不斷被撕裂，時空亂流開始滲入他的意識。千鈞一發之際，零將萬象中樞與星環連接，借星環之力強行解析古卷上的符文。
“找到了！”零的聲音帶著狂喜，“吳仙在古卷中藏了雙重密碼！表面的符文是陷阱，真正的密鑰藏在量子墨跡的微觀結構里！”他將解析出的密鑰輸入萬象中樞，古卷突然爆發出金色光芒，掙脫古神的掌控，飛入洛卡手中。洛卡憑借空間之力，將古卷插入祭壇核心的“靈樞接口”。
整個遺忘星域開始劇烈震顫，暗熵網絡的節點同步亮起紅光。古神發出憤怒的咆哮，祭壇周圍的暗熵匯聚成巨大的虛影，試圖摧毀靈樞。阿萊克的光焰道紋與吟的淨化歌聲交織成防護網，諾爾隱身偷襲，破壞暗熵虛影的能量連接點。零則用萬象中樞引導古卷的力量，將靈樞中的暗熵代碼逐一清除。
當最後一段暗熵代碼被淨化，靈樞爆發出耀眼的白光。光芒中，吳仙的靈韻殘像再次顯現，這次他的身影變得清晰而堅定︰“守護的意義，在于相信每個文明都有選擇未來的權利。”靈韻殘像融入靈樞，整個宇宙的暗熵網絡開始逆向崩解，被轉化的文明靈韻重新煥發生機。
戰後，星穹協奏會在靈樞所在處建立了“秩序中樞站”，由各文明共同守護。青銅古卷被永久保存在中樞站的核心，其表面的符文依然在不斷變化，仿佛在訴說著宇宙的奧秘。而在藝術之城，新的靈韻樹幼苗破土而出，樹苗的枝干上天然形成了守護者們並肩作戰的紋路。
然而，零在檢查萬象中樞的殘留數據時，發現了一個更令人不安的事實︰暗熵網絡雖然崩潰，但有一小部分代碼已滲入宇宙的量子背景輻射中。這些代碼如同沉睡的病毒，等待著被再次激活。新守望小隊與星輝守望者們明白，真正的和平尚未到來，他們必須繼續守望，隨時準備迎接下一次危機，守護宇宙的秩序與文明的火種。
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