太平天國——首都天京，此時早已經被湘軍和淮軍的其它分支攻破，城中火光沖天，到處都是斷壁殘垣，城中傷亡慘重，無數的貧民無家可歸！
城中留守的太平軍死傷大半，早已經無力抵抗，幼主洪天福貴，在陳玉成和皇宮衛隊的保護下猶如驚弓之鳥，正在皇宮中四處逃竄，但不幸的是分別遇上了湘軍副將曾國荃和淮軍副將沈葆禎、駱稟章等人，曾國荃對三河鎮湘軍的慘敗耿耿于懷，于是憤怒的大喝道︰“凡是抓住陳玉成者賞白銀千兩、抓住洪天福貴者賞黃金五百兩，”重賞之下必有勇夫，湘軍和淮軍的士兵們听了，頓時紅了眼，如餓狼般朝著陳玉成和洪天福貴撲去。陳玉成護著洪天福貴，揮舞著大刀，奮力拼殺，他的眼神中透露出決絕，哪怕深陷絕境，也絕不退縮。
就在雙方僵持不下時，天空突然烏雲密布，一道奇異的光芒閃過。緊接著，一群身著奇異服飾、騎著異獸的神秘人憑空出現。他們一出現便加入了戰局，不過他們攻擊的對象卻是湘軍和淮軍。神秘人的武器十分奇特，發出的光芒能輕易擊退敵人。
曾國荃和沈葆禎等人見狀，又驚又怒，指揮著士兵們抵抗。陳玉成也有些愣住了，不知道這些神秘人是敵是友。但此時，他也顧不了那麼多，趁著混亂，帶著洪天福貴往神秘人開闢出的一條通道沖去，然而前面確是一個死胡同，陳玉成忍不住仰天悲呼︰“真是天亡我太平天國也！”
此時神秘人卻說道︰“太平天國失信于天下，早已經惡貫滿盈，死有余辜，我們只是前來拯救無辜受難的平民百姓，同時保護這里的上古遺跡，對于太平天國與我們毫不相干！”只是希望你們不要再造無端殺孽，否則必遭天譴！
曾國荃、駱稟章、沈葆禎親自謝過神秘人，向著陳玉成和洪天福貴逃跑的方向追去，走投無路的太平天國一代名將陳玉成兵敗被俘，很快就被押往大清皇城，沒過多久陳玉成英勇就義，洪天福貴也被下令處死……
貴州赤水安順場一戰，石達開和李秀成損失慘重，幾乎全軍覆沒，面對著被湘軍和淮軍圍得水泄不通，石達開和李秀成依然十分頑強，此時曾國藩、張之洞同時說道︰“石達開、李秀成如今你們插翅難逃，別無選擇還是投降了吧！”左季高也說道︰“石達開、李秀成你們已經窮途末路，還是投降吧，我們敬你是條英雄好漢，也許還有一條生路！”
石達開和李秀成冰冷至極的說道︰“曾國藩、張之洞、左季高，大清王朝腐朽不堪，我奉勸爾等不要在為其賣命，跟我太平天國一樣自封為王！不過想要我們投降，那是絕對不可能的，想我太平天國縱橫華夏十數年，奈何天不佑我！”就在雙方劍拔弩張之時，突然大地震動，從地下涌出一股神秘的力量，形成一道巨大的光幕，將石達開、李秀成與湘軍、淮軍分隔開來。光幕中走出一位白發老者，他的眼神深邃而神秘。“太平天國與大清之爭，皆是凡塵瑣事。但此地有上古封印，若你們繼續爭斗，封印松動，將放出遠古邪物，天下將陷入萬劫不復。”
曾國藩等人听後，面色大變。石達開和李秀成也收起了鋒芒。白發老者接著說︰“如今之計，需你們暫時放下恩怨，共同守護封印。待危機解除，再論勝負。”眾人雖心有不甘，但為了天下蒼生，只好暫時妥協。于是，石達開、李秀成與曾國藩、張之洞等人站在了同一戰線，開始合力尋找加固封印之法，一場前所未有的合作就此展開，而天下的命運也在這微妙的轉變中悄然改變。
然而石達開和李秀成乃是絕世梟雄，豈能坐以待斃，利用這天賜良機，殺出一條血路，一路向著貴州省城撤退，最終來到青岩古鎮。
青岩古鎮，乃是千年難遇的上古雄關，山勢險峻，加上城堅牆厚，石達開和李秀成久攻不下，守城將領趙樹澎，堅守不戰，日夜加固城牆，後面曾國藩和張之洞等人帶領的湘軍和淮軍已然趕到，石達開和李秀成腹背受敵，形勢危急萬分。正在他們苦思破敵之計時，突然從青岩古鎮的城牆上射出一道道奇異光芒，光芒交織成網，將石達開和李秀成的軍隊籠罩其中。原來，趙樹澎早已得到神秘人的相助，布置了這詭異的陣法。石達開和李秀成的士兵們被困在陣中，動彈不得，紛紛發出驚恐的叫聲。石達開怒目圓睜，奮力砍向光芒之網，卻毫無作用。就在他們絕望之時，之前出現過的那群神秘人再次現身。不過這次，他們站在了石達開和李秀成這邊。神秘人施展法術，破解了陣法。石達開和李秀成抓住機會，率領軍隊與湘軍、淮軍展開了新一輪的廝殺。神秘人告知他們，上古封印之事另有隱情，他們應聯合起來對抗真正的威脅。石達開和李秀成與曾國藩等人雖心存疑慮，但內心深處自然難以磨合，數日後，雙方再次爆發激烈戰斗，最終，太平天國最後支柱石達開和李秀成身受重傷被俘，很快曾國藩以犯上作亂，對抗大清朝廷，分別對石達開和李秀成處以極刑，至此太平天國徹底覆滅。
石達開和李秀成死後，其殘余部下張秀眉一分為二，一部分向都勻豬拱箐匯入當地的苗民武裝，另一部分則逃往黔東南牛角坡與烏鴉坡加入了當地的苗侗民族。
此時大清王朝迎來了久違的安定中興，然而此時四大名臣逐漸暴露出彼此之間的矛盾︰曾國藩和李鴻章開始走得更近，張之洞和李鴻章由于理念不同，開始針鋒相對，左季高也和李鴻章勢如水火，二人在海防和邊防上始終各執一詞，難以調和，李鴻章更是在太皇太後面前參劾左季高的剛愎自用，更暗令其手下頻繁的給左季高使暗手，這使得左季高逐漸失去了權力，失去了太皇太後的信任，左季高心中憤懣難平，卻也無可奈何。就在此時，那神秘的白發老者再次出現。他告知左季高，天下即將面臨一場更大的危機，這場危機與之前所說的上古封印息息相關，而李鴻章的一系列行為似乎也被一股神秘力量所操控。左季高雖半信半疑，但為了天下蒼生，決定暫時放下與李鴻章的恩怨。他暗中調查，發現李鴻章身邊常有一些形跡可疑之人出沒。與此同時，之前出現的那群神秘人也在四處奔走，尋找應對危機的方法。他們找到左季高，希望能聯合各方力量共同對抗即將到來的災難。左季高開始嘗試與曾國藩、張之洞等人溝通，試圖化解彼此間的矛盾。而李鴻章在神秘力量的影響下，卻仍在不斷制造紛爭。一場關乎天下命運的大戰，似乎也即將到來——