此時三藩之亂徹底的平定，于是康熙帝決定對有功之臣和三藩之亂余孽徹底的清除，並斬草除根以絕後患——
這一天早朝，紫禁城金鑾殿上，康熙帝立即下旨將抓獲的三藩之亂余孽親自御審——
守先將吳三桂之子吳應鸞、吳應勇、吳應彪；尚可喜之子尚之義、尚之信父子；耿精忠之子耿懷義、耿懷德判處斬立決，並且立即執行，就連在京城長住的康熙帝之女玉格格丈夫吳應熊駙馬也沒能幸免。
臨刑之際 ，玉格格前來向康熙帝哭訴“皇阿瑪！吳應熊可是我的親丈夫，同時也是你的駙馬呀！看在女兒的份上能不能饒了吳應熊一命！”康熙听後，頭也不回的說道“他父親反叛我大清已是滅族死罪，絕對不行，要麼你就徹底的忘了他，要麼你們一同赴死！”
面對康熙的絕決，玉格格萬念俱灰，其實最為冤屈的是尚可喜，本來其已經答應投降大清王朝罷兵休戰，沒想到的是卻被兩個兒子給坑了，玉格格淚眼朦朧，癱倒在地。這時，朝堂上一位大臣站出，道“陛下，尚可喜忠心可鑒，實是被逆子連累，如今他已年邁，且曾有降意，可否網開一面，留他一條性命？”康熙陷入沉思，許久，緩緩開口“念尚可喜曾有歸降之意，饒他不死，但其家產充公，圈禁府中，不得外出。”
而另一邊，劊子手已將吳應鸞等人押赴刑場。午時三刻，刀落頭滾，鮮血濺地。玉格格望著這一幕，眼神空洞。突然，一道黑影閃過，竟是一個神秘高手劫走了吳應熊的尸體。守衛們大呼捉拿，可那高手身法奇快，眨眼間消失不見。康熙得知此事，龍顏大怒，下令徹查，一場新的風波又悄然掀起。
處理完三藩之亂後，康熙帝立即對平定三藩之亂的功臣予以嘉獎——
順承多羅郡王勒爾錦平亂有功，加封一等忠勇公。
安親王岳樂平亂有功，加封一等毅勇公。
都統覺羅朱滿平亂有功，加封忠義侯，賞賜三眼花翎。
參將周培公、圖海、趙樂棟、李光第、張英等人賞賜三眼花翎，並加俸祿白銀三千兩，由于周培公忠孝兩全，特封為盛京提督，會同原鎮守大臣佟國維、佟麟綱二人一起鎮守我大清祖地盛京，嚴防準噶爾部趁勢作亂，忘其不負朕意，即刻上任，周培公領命，心中感慨萬千，深知責任重大。他即刻收拾行裝，踏上前往盛京的路途。一路上，他觀察著民間的風土人情，也留意著各方的動向。
而那神秘高手劫走吳應熊尸體一事，讓康熙寢食難安。他派出了最精銳的密探，四處打听那高手的蹤跡和背後的勢力。與此同時，在一處隱秘的山谷中，神秘高手將吳應熊的尸體安置好，開始施展一種奇異的法術。只見光芒閃爍，吳應熊竟有了一絲生機。原來，這高手是吳三桂暗中豢養的邪道術士，他一直等待著機會，如今劫走尸體，是想復活吳應熊，再圖復仇大計。而周培公這邊，剛到盛京不久，就收到了關于準噶爾部蠢蠢欲動的情報，一場新的危機正悄然逼近。
這個時候，康熙帝明白，大清王朝最大的威脅就是平定鄭之龍部收復寶島。由于大清水師一直都落後于鄭之龍的寶島水師，前幾次都以大清慘敗而歸，在加之有鄭之龍之佷延平王鄭經、鄭泰、鄭安三人的苦心經營和極擅長于海戰的海霹靂施瑯的巨大威脅，康熙帝一籌莫展，憂心忡忡——
此時從大臣中突然走出一人，躬身向康熙帝行禮道“陛下，臣想起一人，他對寶島一切了如指掌，他定有辦法！不過陛下得親自前往盛京，方能找到收復寶島之妙策，”康熙听後，眼中閃過一絲希望，忙問道“此人是誰？”大臣答道“正是盛京提督周培公。他此前在民間收集各方動向，對寶島之事或許有所了解。”康熙略一思索，覺得可行，當下便決定微服前往盛京。
數日後，康熙抵達盛京，見到了周培公。周培公得知皇帝來意，獻上一計“陛下，可先分化鄭經等人勢力，再尋機招降海霹靂施瑯。施瑯若降，寶島水師便不足為懼。同時，我們可加緊訓練水師，提升戰力。”康熙听後，連連稱妙。
康熙帝隨後龍顏大悅——說道“很好，朕就命令你周培公為福建總督，全權負責收復寶島！”
周培公听後，連連搖頭道“如今臣是有心無力啊！，況且微臣年老體弱，恐難勝任！”不過微臣向陛下推薦一人，他比微臣更加了解寶島布防，也更加的有遠見和謀略，況且他還跟鄭經的寶島水師總督海霹靂施瑯有師徒關系。”
康熙听後，更加的急不可耐，問道“此人是誰！”周培公拱手道“此人便是姚啟聖。他曾在福建任職，對當地民情、海防極為熟悉。而且他與施瑯有師徒之誼，若由他出面招降施瑯，成功的可能性極大。”康熙听後，眼中閃過一絲驚喜，忙問道“這姚啟聖如今身在何處？”周培公道“姚啟聖因事罷官，現賦閑在家。”康熙當機立斷，道“即刻傳朕旨意，起用姚啟聖為福建總督，負責收復寶島事宜。”
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數日後，姚啟聖接到任命，即刻趕赴福建。他到任後，一方面積極訓練水師，打造戰船；另一方面，利用與施瑯的師徒關系，暗中派人勸降。而此時，那邪道術士已成功復活吳應熊，他們秘密聯絡鄭經，企圖聯合對抗大清，一場更為復雜激烈的斗爭即將展開。
三藩之亂雖以剿滅，但吳三桂逃脫了追捕，吳三桂帶著殘兵敗將，一路退到了雲南昆明，旋即，吳三桂登基為帝，改國號為大周，定都雲南昆明。
稱帝的吳三桂想起自己曾經的輝煌，如今損失慘重，數十萬大軍死亡過半，心中難以接受，變得郁郁寡歡，身體也每況愈下，六個月後，吳三桂突然嘔血數升，瞪著眼氣絕身亡。
吳三桂死後由其孫子吳世藩繼承帝位，此時大清王朝已經將昆明城圍得水泄不通，匆忙中，吳世藩忙問眾大臣如何應對——
朝中大臣爭論激烈，有的說“陛下，不如投降了吧！至少能夠留下大周吳氏血脈！”
此時吳世藩年僅十六歲，頗有些志氣，雙手拍在龍案上，厲聲喝道“誰在敢言投降，殺無赦，本來我父王名聲就已經夠臭了，如今在投降清軍，世人會怎麼看待我們！”就在吳世藩強硬表態之時，那復活的吳應熊帶著邪道術士秘密潛入了昆明城。吳應熊見到吳世藩，勸說他聯合鄭經與大清決一死戰，稱已與鄭經暗中聯絡，雙方聯手定能扭轉局勢。吳世藩本就年少氣盛，听後熱血沸騰，當下決定依計行事。
另一邊，大清這邊姚啟聖訓練水師頗有成效，勸降施瑯也有了進展。就在他準備進一步行動時，收到了吳應熊聯合鄭經的密報。姚啟聖立刻意識到局勢的嚴峻，一面加急向康熙匯報，一面調整戰略。
康熙得知消息後，果斷下令分兵，一部分繼續圍困昆明，一部分抵御鄭經可能的進攻。同時，他催促姚啟聖加快招降施瑯的進程。一場多方勢力交織的大戰即將在海上和陸地同時爆發，而吳世藩的大周能否在這重重危機中存活，施瑯又是否會歸降大清，一切都充滿了未知。
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