此時關外後金，皇太極死後，暫時由攝政王多爾袞、代善一起代為管理後金政權，面對著袁崇煥的死而復生，毫不在意的說道“此時的袁崇煥就好比沒了牙的老虎不足為懼，我自有辦法對付他們！”
于是多爾袞遠赴後金準噶爾部落請出了神秘的密宗高僧黑煞魂魔和血影聖靈法王利用噬魂大法和密宗煉魂術很快就將袁崇煥再次絞殺，至此後金軍隊再次全面進攻，此時的遼東防御以經名存實亡，在多爾袞、代善等人的瘋狂進攻之下洪承疇和祖大壽再也無法抵擋只好一路向著中原敗退。
此時李自成的大軍一路勢如破竹無人能擋，李自成自號“李闖王”一路向著大明王朝皇城北京進攻，就在李自成大軍逼近北京之時，崇禎皇帝在宮中急得如熱鍋上的螞蟻。朝堂之上，大臣們各執一詞，爭論不休，卻拿不出一個切實可行的對策。
而另一邊，多爾袞得知李自成進軍北京，心中打起了算盤。他意識到若能與李自成聯手，或許能更快地顛覆大明。于是，他派出使者前往與李自成談判。
李自成听聞多爾袞的合作提議，心中猶豫不決。他深知後金勢力強大，合作雖能增加攻破北京的勝算，但也怕引狼入室。就在他舉棋不定時，手下謀士進言“可先假意答應，待拿下北京後再做打算。”
李自成點頭同意。就這樣，兩方勢力暫時達成合作意向，共同朝著北京進發。北京城的上空，烏雲密布，一場更為慘烈的大戰即將爆發，大明王朝岌岌可危，未來的走向充滿了未知……
此時中原大地，戰亂頻繁，遠離大明王朝皇城的西南中心天府之國——巴蜀大地，一代梟雄張獻忠強勢崛起，依靠得天獨厚的大量資源建立了大西政權，定都在今成都（號西京），國號大西。
太平洋南部，閩南以東，赤坎島台北一偶之地，土著閩南人在首領鄭成功的帶領下利用獨特的地形和強大的艦船、火炮很快的將荷蘭侵略者趕出寶島，眾人一致推舉鄭成功為王，很快就與大明王朝、後金分庭抗禮，而就在各方勢力劍拔弩張之時，巴蜀之地的張獻忠卻做出了一個驚人之舉。他听聞多爾袞與李自成合作，擔心兩方聯手後威脅到自己的大西政權，便暗中派出使者前往赤坎島，與鄭成功商議聯盟之事。鄭成功本就心系中原百姓，見張獻忠有此誠意，便答應與其結盟。
與此同時，北京城的崇禎皇帝仍在苦苦掙扎。他一面調集周邊軍隊勤王，一面試圖與李自成和談。然而，李自成此時已與多爾袞達成合作，根本無心談判。
大戰一觸即發，多爾袞、李自成的聯軍逼近北京，而張獻忠、鄭成功的聯盟也在暗中籌備反擊。就在這關鍵時刻，一個神秘的組織悄然浮出水面，他們似乎掌握著扭轉戰局的關鍵力量，各方勢力的命運，即將迎來一場驚天巨變……
此時關外後金皇太極共有11個兒子，分別是豪格、洛格、洛博會、葉布舒、碩塞、高塞、常舒、皇八子、福臨（順治帝）、韜塞和博穆博果爾不甘心後金政權落入自己皇叔多爾袞、代善等人的手里，于是趁多爾袞和代善等人遠離大本營之際，豪格聯合自己的十個兄弟發動了政變，一舉控制了後金的都城。消息傳到前線，多爾袞和代善大驚失色，急忙停止對中原的進攻，率軍回援。而李自成這邊，失去了後金的支持，進攻北京的步伐也不得不放緩。與此同時，神秘組織開始在各方勢力中暗中活動，他們似乎在尋找一個能讓天下重歸和平的“天命之人”。張獻忠和鄭成功得知後金內亂，覺得有機可乘，加快了聯盟的籌備，準備趁機擴大勢力範圍。崇禎皇帝听聞後金內亂，心中燃起一絲希望，再次召集大臣商議對策，試圖利用各方矛盾扭轉局勢。豪格雖然控制了都城，但面臨著多爾袞和代善的回軍，內部也並非完全團結，局勢依然十分嚴峻。一場圍繞著天下歸屬的大亂斗，在神秘組織的攪局下，變得更加撲朔迷離，各方勢力都在這風雲變幻中，為了自己的利益和理想，繼續著這場沒有硝煙的戰爭。
返回後金的多爾袞和代善，于是與豪格等人為了爭奪皇位雙方進行了一場殊死搏斗，大清第一巴圖魯不是蓋的，在多爾袞的瘋狂進攻下，豪格等人很快就死傷慘重，徹底的失敗，豪格本人也被多爾袞囚禁了起來，但豪格等人並不甘心失敗，于是密秘聯絡了後金隱藏的勢力蒙古各部，很快就將多爾袞等人擊敗，將多爾袞驅離後金都城，囚禁在西域蠻荒之地輪台葉城，由于年年征戰，此時的多爾袞已是重病纏身——
此時的崇禎帝終于得到了一絲喘息，可是還沒來得及慶祝一場巨大的打擊接踵而至，李自成的大軍已經攻入明王朝皇城，很快建立了大順王朝，此時副將劉宗敏徹底的瘋狂，大勢屠殺普通民眾，燒殺搶掠無惡不作，一時哭聲震天淒慘絕倫，忙得昏頭轉向的李自成也管不了劉宗敏了。
自立為王的鄭成功等人，正想進一步鞏固政權，一場突如其來的意外在次將赤坎城拉入混亂的局面，某天夜里鄭成功離奇死亡，臨死之前，鄭成功殺死了自己的妻兒，其子鄭敬僥幸逃脫，但是鄭敬卻是個紈褲子弟，帶兵打仗樣樣不行，徹底的將所有家當徹底敗光。
後金都城，自知時日不多了的多爾袞，放下了所有的怨恨，在後金各方勢力的調合下與豪格達成了和解，彼時豪格等人也是元氣大傷，二人共同扶持幼小的皇九弟福臨登基為帝。
五個月後一代後金名將，大清第一巴圖魯多爾袞在郁悶中病逝，剛繼承帝位的福臨先以睿親王的皇家規格予以厚葬，並贈予其謚號為“忠武”！
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