故事的主角叫呂哥。他老婆三天前在聖瑪利亞教堂失蹤了，就留下唱詩班座椅下一枚裂開的翡翠耳墜。呂哥心里急得像熱鍋上的螞蟻，就跑到這教堂里來找線索。
這一天，呂哥推開聖瑪利亞教堂那沉重的橡木門，就听見晚禱的余音還在穹頂那兒盤旋呢。這時候，神父遞給呂哥一張泛黃的設計圖，跟他說“1847年翻修穹頂的時候，建築師在雙曲拋物面結構里嵌入了十二道聲學諧振腔，可沒人知道它們在哪兒。”呂哥就伸手去摸牆壁，好家伙，指尖突然沾上了鐵銹一樣的暗紅水漬，這跟耶路撒冷哭牆傳說里的“聖石流淚”一模一樣，把呂哥嚇得一哆嗦。
到了午夜巡查的時候，呂哥拿著手電，那光掃過穹頂中央的聖母壁畫。嘿，一道新的裂縫從聖母眼角裂開了，就跟雙曲線方程fx1x的漸近線似的，邊緣還滲出透明粘液。呂哥好奇啊，就把錄音筆靠近裂縫，這一錄可不得了，竟錄到他妻子三天前的驚呼“牆里有手！”緊接著，裂縫里傳來復讀機一樣的回聲“……有手……有手……有手！”那聲波震得呂哥耳蝸生疼。呂哥趕緊給聲學教授陳明打電話，陳明在電話里警告他“雙曲結構會無限放大特定頻率，要是裂縫形成完整諧振腔，能把人骨頭都震碎！”
周日彌撒的時候，更邪門的事兒來了。信徒們祈禱的聲音被穹頂裂縫吸收、復制、疊加。老教徒李嬸念到“求主寬恕我們的罪”，裂縫突然噴出好幾百道跟她聲線一樣的嘶吼“……罪罪罪罪罪！”信徒們都嚇得趕緊捂耳朵，李嬸可慘了，耳孔里淌出腦脊液，她的耳膜被共振聲波給擊穿了。呂哥在懺悔室發現一本1847年的施工日志，上面寫著“為鎮壓修女暴動，十二名工匠被活砌入穹頂夾層……”
這日志揭開了一段血色真相。原來1847年的時候，懷孕的修女艾琳跟建築師私通，被判“瀆神”。那些暴徒把她釘進沒干的混凝土穹頂，十二名工匠因為知道這事，被灌鉛封進聲學腔。艾琳臨終的時候詛咒“願你們的禱告變成穿腦毒刃！”這時候，裂縫已經蔓延成克萊因瓶狀的閉環，呂哥的腳步聲在穹頂被復制成隆隆戰鼓，听得他心里直發毛。
陳明檢測到裂縫發出40hz次聲波，這可是人體器官的共振頻率。神父顫抖著誦念《亡靈禱文》，裂縫突然射出尖叫的洪流，聲波像無形的絞索勒住神父的脖頸，神父的眼球在顱壓下爆裂。呂哥在祭壇下挖出艾琳的遺骸，她骨盆間卡著半具嬰尸，顱骨嵌滿生銹的聲學諧振器。
陳明發現裂縫發出的聲波有問題，裂縫發出的聲音就像一個共振鏈。鐘樓敲響午夜鐘聲的時候，裂縫中突然涌出十二道不同的哀嚎“放我出去……出去……出去！”聲浪把長椅都掀翻了，呂哥的耳膜都滲出血絲。陳明慘叫“它們在用我們的聲音當武器！”
當年施暴者的後代都跑到教堂來贖罪。商人吳某跪在艾琳骸骨前懺悔，裂縫驟然噴出他祖父的狂笑“賤人該死！”吳某的耳道在家族笑聲中炸成血洞。呂哥發現骸骨掌心攥著青銅鑰匙，插入祭壇鎖孔後，地面裂開通往夾層的豎井，內壁全是抓痕，十二具尸骸像鐘乳石一樣倒吊著。
夾層中央的鉛棺里，艾琳的怨靈隨著聲波具象化。她腹部蠕動，每一聲胎動都引發裂縫海嘯般的回聲。活埋工匠的尸骸突然齊唱《安魂曲》，聲波像鑽頭一樣刺進幸存者的耳蝸。施暴者孫輩的頭顱在聖歌聲中一個接一個爆裂，腦漿都濺到彩窗上。陳明喊破了嗓子“快毀掉諧振腔！這是莫比烏斯環聲場！”
呂哥急中生智，掄起管風琴銅管捅向裂縫交匯點。艾琳的尖嘯和工匠的悲鳴在雙曲結構中踫撞湮滅，穹頂像摔碎的蛋殼一樣剝落。月光下，十二具尸骸化成灰燼，艾琳的靈體托起嬰孩走向彩窗裂口。她回頭的時候，呂哥耳朵里響起妻子的低語“諧振腔消失前……快出去！”
教堂在黎明的時候坍塌成廢墟。呂哥從瓦礫里爬出來，懷里艾琳的骸骨已經風化得像沙子一樣。陳明指著他的耳朵，嚇得倒退好幾步。原來呂哥的耳道深處，兩道微小的雙曲裂縫正幽幽旋轉。從那以後，呂哥能听見常人听不見的聲音，亡魂的絮語、地脈的震顫、月光的嗡鳴。而且，每當有人靠近廢墟禱告，瓦礫中總會裂開新的縫隙，把禱詞復讀成索命的哀歌，就好像這哭牆有了生命，永遠都在訴說著無盡的怨念。
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