在一次激烈的戰斗過後，木葉村雖然守住了，但損失慘重。鳴人深知不能只是被動防守，必須主動出擊找出幕後黑手。他召集了伙伴們商議對策。鹿丸分析道︰“這股黑暗勢力每次來襲都像是有所預謀，肯定有內奸在通風報信。”鳴人皺起眉頭，決心一定要揪出這個叛徒。
他們暗中調查村里的每一個角落，不放過任何蛛絲馬跡。終于，在一個隱蔽的地下室里發現了一些可疑的通信卷軸。順著這條線索追查下去，竟然發現是一個平時不起眼的村民。原來他被黑暗勢力用家人性命相要挾。
鳴人並沒有責怪他，反而承諾會救出他的家人。隨後，鳴人帶著伙伴們制定了營救計劃。他們通過之前截獲的通信卷軸反向傳遞假消息，誤導黑暗勢力以為他們的陰謀仍未暴露。
按照計劃，鳴人帶領小隊悄悄潛入黑暗勢力的據點。然而，剛一接近就觸發了警報陷阱。一時間，各種攻擊襲來。鳴人開啟九尾模式，硬抗下大部分攻擊，為隊友爭取時間。
小櫻負責治療傷員並尋找人質關押地點；佐助則憑借咒印力量和新得到的秘藥加成，快速解決了一批又一批敵人。就在戰斗進入白熱化時，小櫻發出信號找到了人質。
鳴人制造出大量影分身吸引火力，真身沖向人質所在之處。成功解救後，眾人開始撤離。但黑暗勢力首領現身，實力強勁。關鍵時刻，佐助使用新能力短暫壓制住首領，鳴人趁機帶著大家逃離。回到村子後，村民感激涕零，而木葉也因為這次行動士氣大振，更加堅定了對抗黑暗勢力的決心。鳴人帶領著一支精英小隊悄悄潛入黑暗勢力的據點。利用仙術悄無聲息地解決掉守衛，找到了被囚禁的人質。最後，鳴人站在黑暗勢力首領面前，使出全力與他一戰。經過一場驚心動魄的較量，鳴人以新領悟的仙術絕招擊敗了首領。黑暗勢力群龍無首，就此瓦解。木葉村迎來了和平，鳴人也成為了大家心目中當之無愧的英雄。
木葉恢復平靜後，佐助卻並未完全放下心中之事。佐助獨自外出歷練，在森林中再次遇到藥師兜。藥師兜一臉神秘地說︰“佐助君，雖木葉暫時安寧，但新的危機正在暗處滋生。”佐助握緊手中的劍，警惕地看著他。藥師兜接著說︰“曾經有一股古老而邪惡的力量被封印，如今有人試圖解開它，我知曉你一直在追尋強大力量，或許我們可以合作。”佐助冷笑一聲︰“我不會再與大蛇丸有關之人合作。”說完便欲離開。但藥師兜拋出一個消息︰“這股力量與宇智波一族的過去有著千絲萬縷的聯系。”佐助腳步一頓，內心掙扎起來。一方面他不信任兜，另一方面他對家族的真相渴望已久。最終，佐助決定暫且跟著兜去探查一番，但他暗自下定決心，一旦發現兜有任何陰謀，定不會手下留情。就這樣，佐助踏入了這片未知的危險之地。隨著深入，周圍彌漫著一股壓抑的氣息。佐助時刻保持警惕，藥師兜則在前面帶路，時不時露出詭異的笑容。
突然，四周涌出許多奇怪的生物，它們形如鬼魅，速度極快。佐助迅速拔劍抵擋，劍刃劃過空氣發出嘶嘶聲。藥師兜也加入戰斗，不過佐助總感覺他有所保留。
在激戰中，佐助發現這些生物似乎受某種陣法控制。他集中精力，運用寫輪眼看清陣眼所在，一舉破壞。那些生物瞬間消散。
這時，藥師兜停下來說︰“佐助君，前方就是那股力量所在之處，但要獲取它必定付出代價。”佐助不予理會，徑直向前。當他靠近目標時，一道光芒閃現，里面傳來熟悉的聲音。原來是宇智波鼬留下的一絲意識，警告佐助遠離這股邪惡力量。佐助恍然大悟，明白這是陷阱。他轉身怒視藥師兜，準備與其決一死戰。一段充滿未知危險的旅程之中。佐助跟著兜在陰暗潮濕的密道里前行，周圍彌漫著腐臭的氣味。兜時不時回頭看佐助，嘴角帶著一抹不易察覺的笑。
行至一處巨大的石門之前，兜停了下來，雙手結印，石門緩緩打開。里面透出一股濃烈的黑暗氣息。佐助的寫輪眼不自覺轉動起來。
“這里面就藏著那股力量的秘密。”兜輕聲說道。
佐助剛要踏入，突然感覺一陣強烈的幻術襲來。他冷哼一聲，憑借寫輪眼輕易破解。他憤怒地看向兜︰“果然你沒安好心。”
兜卻大笑起來︰“佐助君，這只是個測試，只有足夠強大才能面對真正的秘密。”佐助半信半疑地繼續前進。
在密室最深處，他們看到一幅巨大的壁畫，上面刻滿了宇智波一族古老的符文。佐助仔細研究起來，他感覺到這些符文背後隱藏著關于家族血仇的重大秘密。就在此時，四周涌出許多傀儡向他們攻擊過來，佐助和兜不得不並肩作戰，在戰斗中佐助越發覺得此事迷霧重重。佐助揮動手中寶劍，將靠近的傀儡一一砍碎，眼神愈發冰冷。兜則靈活地穿梭于傀儡之間，時不時丟出幾枚苦無。在兩人默契配合下，傀儡漸漸減少。
“看來這些傀儡是守護這里的機關。”兜喘著氣說道。
佐助沒有回應，目光仍緊緊鎖定在壁畫上。他走近壁畫，伸出手觸摸著那些符文，突然符文閃爍光芒，一道影像浮現出來。影像中呈現出宇智波一族曾遭受背叛的場景，而背叛者背後似乎還有一股更強大的神秘力量在操控。
佐助雙眼充血，怒吼道︰“到底是誰？”
這時，兜突然露出猙獰的表情，撲向佐助。原來兜早已被那股邪惡力量控制心智。佐助早有防備，側身避開，一腳踢飛兜。
“你以為能偷襲我？”佐助冷聲道。
然而，那股邪惡力量不斷涌入兜的身體，使他變得異常強大。佐助開啟萬花筒寫輪眼，準備迎接這場艱難的戰斗，他知道唯有戰勝眼前的敵人，才能繼續探尋家族的真相。
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