在這之後，玩家還將多次收到其他逃生艙幸存者發出的求救訊號，這這些幸存者卻無一例外走向了同一種結局，希望一次次變成失望，此時此刻，再遲鈍的玩家也終將意識到，水下的世界絕非他們想象中那麼安全，這個世界可能隱藏著更多的秘密。
不過，在四處奔走尋找幸存者的過程中，玩家能找到不少系統中丟失的數據，通過這些找到的藍圖，玩家可以制造出更好的潛水設備、載具等，自然而然的，他們就能朝著更深的海域探索。
漸漸的，玩家在海下建造起水下基地。
在水下數百米位置，玩家會漸漸發現一些有著人類生活痕跡的廢棄基地，基地內一樣遺留著曾經的主人留下的日記與文檔。
這時候，玩家又將收到一個新的無線電訊息，而這一次的無線電訊息並不是來自其他逃生艙的求救訊息，而是來自星球之外的救援信息。
一艘名為“陽光號”的飛船正在趕來救援，盡管知道游戲不可能這麼簡單，但不管是出于好奇還是因為有了新的目標，玩家趕往“陽光號”的登陸點，這是一座不大的島嶼，在島嶼之上，有一座形狀怪異的建築，建築風格與人類文明有著明顯的差異。
當“陽光號”進入大氣層，怪異建築突然動了一來，它變成了一個類似防空塔般的形狀，一個不好的預感出現在玩家心中。
下一刻，故事的發展印證了玩家心中的不好預感，就在“陽光號”在玩家視線中越放越大的時候，怪異建築也時刻跟隨著飛船轉動著方向，終于，耀眼的能量脈沖噴射而出，“陽光號”變成了一朵璀璨的煙花。
當玩家找到入口進入到這個怪異的建築，通過掃描信息，他知道這個建築名為“免疫執法平台”，它的職能，便是物理消滅所有試圖接近或是逃離4546b星球的單位，建築中心位置有一個奇怪的裝置。
當玩家試圖關閉這個裝置時，經過裝置的鑒定後，會被系統提示自己已被感染，無法禁用設施。
此時玩家才知道，自己已經不知不覺被一種未知的細菌感染了，這種細菌存在于整個星球的空氣以及水中，為了避免細菌向外擴散，某種科技文明遠高于人類的外星文明便用這種堪稱粗暴的方式將整個星球封鎖起來，任何生命都無法從此逃離。
緊接著，玩家便會通過訊息得知總部已將一份火箭的藍圖發送到“極光號”船長室的電腦上，玩家可以自己制造出火箭逃離這顆星球。
然而，玩家心中卻明白，如果沒有辦法能夠解除“免疫執法平台”對星球的封鎖，即便火箭造出來，依舊是徒勞無功。
但不管如何，想要最終逃離，火箭總歸是要造的，于是玩家前往極光號殘骸，在殘骸之中，玩家不僅能夠找到許多資料，還將尋找到系統里存放的機密資料，通過這些資料，玩家能夠發現，“極光號”進入4546b其實並非意外。
十年前，一艘名為“德加斯號”的飛船在4546b星球附近消失，失蹤原因不明，但玩家心中異常明白，這顯然也是“免疫執法平台”的杰作。
而“極光號”此行的輔助任務之一，便是對十年前失蹤的“德加斯號”展開救援。
在後續線索中，玩家會發現在當時的“德加斯號”飛船上有著三名幸存者，而跟著這三名幸存者遺留下的各種信息，玩家又獲得了更多有用的信息。
當玩家來到一個名為“失落之河”的地圖，此地到處充滿帶有腐蝕性的強酸液體，在這里，玩家將尋找到第二座外星設施“疾病研究中心”，在這里，有著大量生物樣本以及文檔四散在各處。
通過收集與整理信息，事情的起因終于浮出水面。
大約一千年前，名為“先驅者”的高層次文明在與其他文明的種族戰爭中感染了名為卡拉的超級細菌，這種細菌通過破壞生物的免疫系統來殺死它們，致死率極高，很快，便有超過1430億先驅者因此死亡，剩余的先驅者在星系內多個星球上建立起疾病研究中心並嘗試開發疫苗，而4546b便是其中之一。
通過大量的實驗，先驅者發現，一種名為海皇利維坦的生物天生就擁有對卡拉細菌的免疫力，並且可以分泌出一種名叫“42號黴”的物質，能夠治愈疾病。
先驅者捕獲了一只成年體海皇利維坦，將其關在海底1400米的設施進行進一步研究，但或許是因為該成年體的年齡過老，其分泌的42號黴活性不足，無法完全根治細菌，研究人員便將注意力集中在海皇胎兒身上，可由于海皇利維坦的孵化條件過于嚴格，他們嘗試了許多辦法，卻始終沒能成功孵化胎兒。
最終，意外降臨，一只海龍利維坦為了取回被研究人員拿走的蛋，攻擊了疾病研究中心，導致卡拉細菌擴散至整個4546b星球的生態環境中，造成星球物種的大滅絕，免疫執法平台因此激活，這個星球從那一刻起被完全封鎖起來。
為了尋求最終的真相，玩家前往最後的目的地，1400米。
在那里，玩家將找到被關了1000多年的海皇利維坦，這是一種天性溫順且智慧極高的生物，能夠利用心靈感應進行交流，玩家在接觸免疫執法平台後出現的多次類似幻覺的現象其實就是這只海皇利維坦在對他召喚。
然而先驅者無法听到听到海皇利維坦的心靈感應，或許是因為先驅者身上的眾多器官都已經替換為機械，他們已經相當于機械飛升體，而海皇利維坦的心靈感應屬于生物電，因此海皇利維坦在過去一直嘗試跟先驅者交流卻從未被理會。
事實上，海皇利維坦自己就知道孵化的條件，卻由于受困此處，又無法與先驅者交流，最終導致悲劇發生。
細菌擴散後，星球上的生物發生大規模滅絕，先驅者也逐漸死去，海皇通過訓練大眼仔，利用先驅者制造的排水管道，將42號黴運送至外面的海洋中，這才維持住了一定的生態，導致星球上的生物沒有完全滅絕，這也解釋了為什麼諾大的星球只有這一片海域是存在生物的，為什麼生物的種類其實遠沒有想象中繁雜。
海皇深知，只要自己一死，這個星球最後的生態系統也將徹底崩潰，因此即便被關在小小空間內，即便身體早已衰老無比，它依舊憑借著頑強的毅力拼命的活著。
在它的生命即將到達極限時，“極光號”降臨，通過關閉執法平台失敗時產生的電磁波，海皇感應到了玩家的存在，這才將玩家引導到了這里。
原來，海皇的孵化需要一種特定的孵化黴，根據所給的配方，玩家制造出孵化黴，也成功將海皇胎兒孵化了出來。
至此，海皇的使命已經完成。
孩子的新生，母親的逝去，作為被囚禁者，海皇利維坦可能心中有恨，但卻依然用最後的溫柔拯救著這個世界，她是一個偉大的母親，更是偉大的救世主，隨著小海皇去到外面的世界，卡拉細菌逐漸被消滅，生態系統逐漸變好，玩家的感染終于被清楚，免疫執法平台終于被關閉，乘坐著火箭離開4546b，再次回首望去。
再見了！我的朋友！