1641年7月5日，�鉿M 砟嶗 恰 br />
鄭芝龍所屬的水師艦船，除了二十幾艘中小型制的戰船繼續封鎖馬尼拉港口外，其余一百余艘大中小船只均已返回台灣和泉州，以減少往來補給的困難。
三個月前，鄭軍水師大部，在漢洲三艘戰船的引領下，徑直朝林加延灣東北側的聖費爾南多小鎮駛去。
待船隊趕到小鎮附近海岸時，果然堵住了躲藏在此處的西班牙戰船。鄭軍水師先是放出十幾艘縱火船，大船盡堵住碼頭外側，以火炮、火箭遠程攻擊試圖外逃的西班牙戰船，眾多小船蜂擁抵近，靠幫奪船。經過一番激戰，鄭軍水師燒毀西班牙人兩艘戰船，擊傷並俘獲兩艘，但有一艘竟然沖破重圍，帶傷逃往外海，最後躲到蠔鏡今澳門），托庇于葡萄牙人的保護之下。
殲滅了西班牙人的人海上力量，鄭軍上下均是松了一口氣，如此，苟延殘喘在馬尼拉的西班牙人最終覆滅，已經為時不遠了。
4月15日，經過十余天的挖掘，鄭軍陸師通過掘進的坑道，順利抵近馬尼拉港口區。在驅使數百抓來的土人在前充當炮灰，鄭軍火槍兵在其後與西班牙展開排槍對射，兩千余冷兵器部隊架著木梯四下圍攻，當日即破港區外圍所有護牆工事。
兩日後，鄭軍再次繼續驅趕數百土人不間斷地沖擊港區幾座小型堡壘，在付出三百余人的代價下，艱難攻克所有堡壘。碼頭炮台的西班牙人自感難以堅守，將所有火炮毀壞後，迅速逃入馬尼拉城。
由此，鄭軍徹底控制了馬尼拉所有外圍要點，形成對西班牙人的四面圍困。隨後，鄭軍在馬尼拉四野抓獲了大量的土人，逼迫他們從外圍向馬尼拉外城不斷地掘進坑道，逐步逼近城牆。
馬尼拉城的西班牙守軍見狀，大為驚恐，日夜駐守在城牆上，不斷地用火炮轟擊挖掘坑道的土人，試圖恐嚇他們四散奔逃。但土人在鄭軍的嚴密監視下，不得不冒著城頭的炮火，亡命地挖掘坑道。好在，土人在被轟擊了數天後，稍稍變得機靈了一些，將坑道挖掘的又深又窄，使得城頭的火炮很難擊中他們。
在消耗了數百土人的的情況下，鄭軍挖掘的坑道蜿蜒曲折地挖通了馬尼拉外城的壕溝，直接抵達城牆附近。隨即，鄭軍陸師主帥陳暉發動了一次大規模的附蟻攻城，但被頑強的西班牙人擊退，未能完成破城。
陳暉對此毫不氣餒，不斷組織小股軍隊輪番騷擾西班牙守軍，試圖以自己的人數優勢，不斷的疲憊城內的敵軍。最終，在半月後的一個夜晚，以夜襲的方式，一舉攻上城頭，至次日天明，佔領了馬尼拉外城。西班牙殘余守軍退守更加堅固的內城，繼續抵抗鄭軍的進攻。
攻破了馬尼拉外城，鄭軍士氣大振，對于西班牙人最後盤踞的內城，均認為克之不難，只是會稍稍付出些代價而已。
但休整數日後的鄭軍陸師在發起了幾次試探性地攻擊後，頓時集體失語了。無他，馬尼拉內城異常堅固，而且城牆也比外城高出許多，幾乎都是用巨大的條石砌築。而且，因為內城的防守面積變小，使得西班牙人更能充分利用他們有限武裝力量。密集的火炮轟擊，不斷的排槍射擊，使得附蟻攻城的鄭軍和土人僕從死傷累累。
曾經十分有效的坑道進，在面對馬尼拉內城時，也失去了應由的效用。西班牙人在城牆外側挖掘了一道很深的壕溝，並將一條河水引入壕溝當中。若要強行挖掘坑道，勢必會被大量河水倒灌其中，根本無法通行。
可要是不挖掘坑道抵達城牆，那麼鄭軍攻城士卒只能在西班牙人刻意留出的幾條狹窄通道穿過一段無任何遮攔的區域，抵近城牆。在此期間，鄭軍士卒會遭到城頭密集的火炮轟擊。
就算鄭軍士卒抵達了城牆附近，還要一段三十多米的土坡需要攀爬，如此仰攻之下，很容易遭到數個凸出的菱堡交叉火力的攢射。
陳暉無奈之下，只能停止進攻，並向全軍將士征集能攻克馬尼拉內城的方法。但一個多月過去了，四千余鄭軍頓足于城外，面對防守嚴密並異常堅固馬尼拉內城，毫無寸進，又恢復到數月前圍困西班牙人的模式當中。
六月東南信風到來，鄭軍主帥楊耿考慮到呂宋的西班牙人海上力量基本不復存在，水師大量船只聚集在此，不僅耗費甚多，而且也無多大輔助作用，遂將大部分船只遣回台灣和泉州，僅留下少許船只往來馬尼拉和甲米地兩地轉運物資和人員。
與鄭軍聯合進攻呂宋的三艘漢洲戰船隨之也返回漢興島今日本宮古島），準備與漢洲本土陸續到來的移民船隊展開一年一度的移民工作。但齊大江在離開時，將第五陸戰隊一百余官兵留了下來，以加強鄭軍的火器密度，並應對可能存在的馬尼拉攻防戰出現的意外情況。
對于如何攻克馬尼拉內城，連長甦忠福也是一籌莫展，毫無頭緒。雖然，漢洲曾經攻克過帝力城、安汶、古邦等荷蘭與葡萄牙人的據點，也攻克過西班牙人的幾個城鎮。但說實話，那些戰例有許多僥幸的地方，有的是因為敵方大意，讓漢洲人鑽了空子，有的是因為有內應，里應外合一舉破城，還有的，則是城防並不是非常嚴密，憑借猛烈的炮火和悍不畏死的沖鋒，才堪堪拿下據點。
但馬尼拉內城的防御設施和堅固程度，還是遠遠超出了漢洲人的想象力度。別說鄭軍四千多人，即使來一萬人，也不一定能將其攻克。唯一的法子，只能這般長期的圍困。只是希望城中的西班牙人物資不要太充裕，防守的意志不要太頑強。
“長期圍困未嘗不可，但西夷不會束手待斃。據俘虜的西班牙人交代，他們在去年九月派出了船只前往他們位于東方的領地，試圖搬來救兵。若是西夷動作快一點，也差不多這個時候要來了。”陳暉站在漢洲的營地前，看著遠處的馬尼拉內城，面上帶著一絲焦慮，“你們漢洲人數次攻破荷蘭人、葡萄牙，還有西班牙人的據點。面對目前這種情況，就一點都沒辦法？”