第二個需要改革的部門是情報部門，情報部門這次雖然在叛亂中立下了汗馬功勞，但也暴露了很多問題，這些反叛都沒有提前發現提前進行預防，這讓王佑安感到了危機感。他把商業調查科直接改編成為了安全總局，按州縣設置了分支機構，主要功能就是對內監測官員是否有反叛的跡象，對外打擊間諜和內應。涉及軍事方面的情報不再放在安全總局里面，而全部歸屬到部隊去管理，直接為部隊進行服務，這一次，鎮壓叛亂的過程當中，卜小林表現非常出色，在征求了侯玉龍的意見之後，卜小林就成為了第一屆安全總局局長。猴子還是喜歡軍隊，他更喜歡一些冒險的工作。由他負責軍事情報部王佑安還是很放心，這情報部對內主要是監視團級以上軍官的動向，防止出現大規模的叛亂，對外收集敵軍信息，包括對外派出臥底，為軍隊作戰情報。
這次反叛還暴露了另外一個問題，就是宣傳不到位。很多士兵和民眾被傳言所蠱惑，被別有用心的人蒙蔽，所以王佑安在亞洲集團專門設置了宣傳部，宣傳部主要管理的內容是宣傳教育工作和今後要發展的報紙。至于宣傳主題，就是要建立一個平等，民主，富強的新社會。大明王朝現在已經風雨飄搖，各地農民起義此起彼伏，亞洲集團不再顧忌大明王朝的統治，需要的是一個名正言順名義，佔領輿論的高地。現已經準備對大明王朝的南方動手，王佑安也不想藏著掖著。要提出政治綱領，吸納有識之士的加入。在這個時候，江南和廣州一帶資本主義已經開始萌芽，大明王朝的統治已經嚴重傷害了廣州和江南地區的士紳的利益，提出這樣的政治口號，肯定會得到江南地區的富豪們的大力支持，有利于下一步的進軍江南。宣傳部第二個工作方向是統一教育，首先要統一的是教材，整個控制區必須開辦學校，在教材里面還要貫穿政治綱領，只有這樣才能統一亞洲集團內部思想，思想教育要從娃娃抓起。
最重要的還是軍隊體系的改革，也不再設置總督。行政上設立州，根據現有情況，設立了佔城州、南海州，也就是原來的瓊州府，台灣州也就是大圓島，沒有佔領的廣州和福建都預設了福廣州，浙江南京設置了江南州，江西，湖南，湖北等地設置兩湖州。亞洲集團對軍隊的管理參照了後世管理方式，在頂層設置了總政治部，總參謀部，總後勤部，在各級軍隊嚴格按設置軍事主官，政委，參謀長。軍事主官只負責部隊的訓練和戰時的指揮，政委負責部隊平時的思想工作，文化教育，各級士兵考核提拔任用，參謀長負責部隊的後勤以及裝備。為了方便調動以及對外作戰動員，必須軍事主官，政委和參謀長共同簽署命令，才能進行101novel.com人以上的軍事行動。營級和連級，不再設置參謀長和政委，但設置指導員，和副連長。部隊也不再按地域設置，而是簡單的分為陸軍第一集團軍，第二集團軍，第三集團軍，第四集團軍，軍隊的駐防地點和每個集團軍的團級以上主官也進行定期輪換。海軍各部沒有做多大調整，設式分為南海艦隊和北洋艦隊，在集團總部設有海軍部，陸軍部，空軍部，內衛部，都隸屬于總政治部，總參部和總後勤部。各部隊只配發訓練及自身防衛用的槍支，彈藥和裝備，其余裝備全部由後勤部直接管理，這樣就形成軍隊里面有人，但是沒有多余的裝備，而後勤部門有槍支彈藥，卻沒有軍隊。大規模的作戰命令一律由總參謀部發出。
王佑安和李時之關上門花了一周時間才完成這改革方案起草。這種事情其他人都幫不上忙，只有他們兩人才能互相商量和討論。在人員任命上，他們就可以放一下手，他們把所有的軍事構架和人員構架弄好之後，就交給了集團里面的幾個副總。張武、劉二、李小虎，包括陳思遠，也花了近一周時間才理出了任用名單，送給王佑安和李時之審定。實際上，幾個主要人員王佑安和李時之早已定好。陳思遠任南海州州長，佔城州和台灣州，州長都是干部學院培養出來的，這些學生已經在各地任縣長一段時間，已經積累了一些經驗。第一任警察總長由皮正元擔任，張武擔任總後勤部部長，劉二任總政治部部長，李小虎擔任總參謀部部長。海軍部部長由母小魚擔任，何三九任北洋艦隊艦隊長，施瑯轉任南海艦隊艦隊長。陸軍部部長由吳天擔任，第一集團軍駐扎南海州，是張武推薦的一個老部下，這人性格非常忠厚，老實，在干部學院已經經過了兩三次培訓，忠誠度很高。第二集團軍駐扎大員島，集團軍的總司令是原來龍成雲的副手，他當知道龍成雲反叛自立門戶時，組織軍官和士兵直接把龍成雲活捉。第三集團軍打駐扎佔城，這里有山東平叛時候吳天的助手擔任。第四集團軍還沒有成立，按王佑安的設想，準備在第四期集團軍里面設置騎兵，總司令由艾能奇擔任。宣傳部的任命讓所有人大跌眼鏡，大家都會認為，宣傳部會任命一個教育系統的領導時，全部的部長確實由李時之兼任，下轄的教育部，部長是她原來的助手小雨擔任，李時之還兼任《亞洲日報》的總編輯，讓所有人都對宣傳部刮目相看。能夠得到王佑安和李時之如此重視的部門，肯定非常重要的部門，雖然很多人不知道這個部門具體干什麼，作用是什麼。
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部門改革完成，兩人發現原來定的亞洲集團的結構有點不適合現在的組織架構了，但是現在立國感覺又小了點，早了點。最後干脆定為亞洲軍，暫時不去刺激崇禎那脆弱的神經，他還想利用瓊州參將這個名頭在進攻江南時活動一下。然後兩個人的自己的任職也讓他們摳了好一陣頭皮，開始王佑安想任大總統，立刻被李時之一陣嘲笑說“你想當袁世凱嗎？你今後還想轉向當皇帝嗎？這可不是長久之相喲。”袁世凱（1859年9月16日—1916年6月6日），中國近代史上著名的政治、軍事人物，北洋軍閥領袖。字慰亭（又作慰廷），號容庵、洗心亭主人，漢族，河南省項城市人，故人稱“袁項城”。袁世凱早年發跡于朝鮮半島，歸國後在天津小站訓練新軍。辛亥革命期間逼清帝愛新覺羅•溥儀退位，成為中華民國臨時大總統。1913年鎮壓二次革命，同年當選為首任中華民國大總統，1914年頒布《中華民國約法》，1915年12月宣布自稱皇帝，改國號為中華帝國，建元洪憲，史稱“洪憲帝制”，原定于1916年1月1日舉行登基大典，此舉遭到各方反對，引發護國運動，3月22日袁世凱不得不在做了83天皇帝之後宣布撤銷帝制。後來李時之建議說“干脆我們學習俄羅斯的普京大帝和梅得韋杰夫，你任總統，我來任總理，我們也來玩二人轉。”王佑安說“我的想法是今後我們建議的是君主立憲制國家，如果我們的子女出現平庸之輩，也可以坐富貴。”李時之說“想那麼遠干什麼？現在才巴掌大的地方呢，以後改過來就行，反正我們說了算。”王佑安一想也對就按這個來吧。
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